2017年，內政部指定淡水河流域「國家級重要濕地」範圍，社子島與其北方的「關渡重要濕地」，連成一片，究竟計畫中，有無被劃入濕地，或者該濕地的「保育利用計畫」範圍，成為爭議的重點。環境權基金會研究員許博任說，《濕地保育法》（第20條、第27條）中關於開發計畫是否影響重要濕地有三道程序：「查詢是否位於重要濕地範圍」、「徵詢中央主管機關意見」、「濕地影響說明書審查」。許博任說，土開總隊及其委託的亞新工程顧問公司，在第一階段應查詢的4,000多筆土地中，沒有向主管機關函詢，僅以3筆明顯無涉重要濕地範圍的地號，便在環說書的「環境敏感地區調查表」中表示開發計畫未涉及國家級重要濕地。