《原住民族基本法》在2005公布施行，第21條訂定了原民諮商同意權的原則。2015年，第21條修訂明確化後，原民會訂定〈原住民族土地或部落範圍土地劃設辦法〉、〈諮商取得原住民族部落同意參與辦法〉等子法後，成為現在的原住民族諮商同意制度。
諮商同意制度運作多年，發生過不少爭議，不只遭許多人批評無法落實諮商同意共享權益的精神；更有些部落擔心、甚至已經發生，因諮商同意的投票，導致部落內部直接的對立與分裂。
臺北高等行政法院針對「知本光電」案的〈109年度訴字第1509號判決〉，對〈諮商同意辦法〉作了許多嚴厲的批判，但相關法規至今並未修訂。
一、排除私有地
現行《原基法》第21條，要求進行諮商同意的空間，是「原保地、傳統領域土地、部落範圍土地」，而後兩者，法規上並不包括「私有地」註釋。
〈原住民族土地或部落範圍土地劃設辦法〉第3條第2款、第3款：
二、原住民族傳統領域土地：指經依本辦法所定程序劃定之原住民族傳統祭儀、祖靈聖地、部落及其獵區與墾耕或其他依原住民族文化、傳統習慣等特徵可得確定其範圍之公有土地。
三、部落範圍土地：指本法第二十一條所稱之部落及其周邊一定範圍內之公有土地經中央主管機關核定之部落範圍並依本辦法所定程序劃定毗鄰部落之生活領域範圍。
最常見的爭議，是部落的「傳統領域」與私有土地的關係。在文化上，「傳統領域」指的是原住民原本的生活空間，包括部落所在地、耕地、獵場、漁場、聖地等，也包括海域與河流。不過在歷史長流下，許多原住民原本的生活空間早已成為私有土地。而在法規上，「傳統領域」排除私有地，使得一些在空間區位上，理應尊重部落意願的案件，卻沒有諮商同意的法律義務註釋 。
另一個有點擦邊球的問題是，現在到底有沒有法律意義上的傳統領域？
依據〈劃設辦法〉第10條、第13條，傳統領域、部落範圍土地，需要經過原民會核定、公告。
2018年6月11日，第一次的，原民會公告了邵族、和烏來區泰雅族的傳統領域。但魚池鄉公所不服、而提出訴願。
最後「邵族、和烏來區泰雅族」的公告遭撒銷以外，原民會在那之後也改變了作法，至今都只公布劃設小組的「成果報告書」、統整相關圖資……等，但在原民會網站上，並未見到如2018年針對「邵族、和烏來區泰雅族」的核定公告。
不過實務上，目前各部落的自行宣告、或成果報告書等圖資，仍被視為開發等行為是否需要進行諮商同意的初步判斷依據。
台糖土地屬於「私有地」，被排除於劃設辦法：〈傳統領域爭議 原民批台糖土地公私難分〉
「原轉小教室」靜坐長達兩千多天，《焦點事件》於2020年專訪巴奈：〈等待蔡英文的一千兩百天 原民日，再訪巴奈〉
在實務上，有些時候，即使是在私有土地上的開發行為，主管機關也會「建議」開發單位進行諮商同意的程序報導。但一方面，這樣的建議缺乏法律強制力，開發單位大可不用遵守；另一方面，會不會這樣「建議」，也完全視原民會、鄉鎮公所在個案上的態度。
這項爭議也涉及到原住民族轉型正義的問題，並成為2017到2024，「原轉小教室」在總統府週遭以「凱道部落」抗議2,644天的代表性議題。例如「台糖」接收大量日本時期的糖業土地，尤其在東部，大量來自日本政府強制驅離原住民族後，納入的官地。雖然以官股為主，但台糖仍為一間「公司」，其土地就是「私有土地」，而不受《原基法》第21條的限制（參考）。
二、只有同意、沒有諮商
《原基法》第21條講了三件事：先是「應諮商」，然後才是取得原民「同意或參與」，最後才是「分享利益」。
條文被期待的情況是，申請人如果想在原住民族土地上進行開發等行為，應該是先向原民諮商，詢問對於土地利用的想像。申請人在原民的想像下，去規劃設計利用的形式。
但在實務上，第21條往往就只剩下「同意權」與最後的「利益分享」。申請人往往是已經規劃設計好了，再來要部落同意。這種情況下，部落只能對一些末端的細部規劃上給意見，以及在回饋方案上討價還價，最後作出同不同意的投票。
三、家戶代表制、委託投票
〈諮商同意辦法〉訂定了同意權的行使形式：家戶代表制的投票制度。也就是一戶一票，由戶長、或戶長指派的人投票。而原民會又另外以函釋的方式，允許書面「委託」方式，代表出席與投票。
每個民族、甚或每個部落，可能有其討論、決定公共事務的形式。有些傳統公共議題的決定形式，並不一定民主，並非沒有內部對傳統權力結構討論、改革的空間。但〈諮商同意辦法〉卻施加了一套統一的方法，而且還不是當代常見的一人一票式民主，而是家戶代表制的一戶一票制。
在知本光電案中，原民會的解釋是：部落「籍在人不在」的情況嚴重、難以過半數出席；家戶代表類似代議制度，屬間接民主的一種，無違民主原則，也較符合部落現況註釋。
轉引自北高行〈109年度訴字第1509號判決〉截錄內容：
輔助參加人原民會鑒於原鄉地區部落普遍存在「籍在人不在」的問題，部落屢因未達部落會議的法定議決門檻，導致集體意願無法確認，故以105年8月30日原民綜字第1050049423號函釋示：諮商同意辦法第19條規定出席戶數計算方式，除計入親自出席的家戶代表外，亦得包含以書面委託方式出席的家戶數；為確保委託人意願的真實表達，貫徹自由知情同意的立法意旨，委託人應於委託書中載明受託對象，並先行載明投票意向於委託書中；受託人以設籍於部落的成年居民為限，且限於具有原住民身分者，委託人以委託1人為限，1名受託人亦限於受託於1人。
關於以「家戶」為單位，行使諮商同意權的爭議，參考：〈187:173 知本光電案 原民諮商同意過關 「委託投票」引爭議〉
不過法官的質疑也很直接，同樣一部〈諮商同意辦法〉，議決「公共事項」時，可以沒問題的用「部落成員」為單位；為什麼議決「同意事項」時，就需要以「家戶」為單位？
法官很直白的寫道「背後或有隱含部落同意事項的召集及決議，涉及開發單位等第三人，為盡量促成部落會議順利召開，故採行原住民家戶代表制，由各家戶派出1人與會表決，減少部落會議作成決議的障礙」，並強調，《原基法》第21條就是為了要避免原民權益被開發侵害，「限制部落依其傳統習慣的決定模式行使同意權，已減損部落的權利主體地位及自主性」。
家戶代表制除了可能衝擊作為文化一環的傳統議事模式以外，在一些爭議案件中，也常見到因為議題迅速的進入投票對決狀態，使得部落內部關係更容易對立惡化。
四、「部落」與「部落成員」的認定
《原基法》第2條第1項第4款對部落定義為「依其傳統規範共同生活結合而成之團體」；但是〈諮商同意辦法〉第2條第2款，卻粗糙的以「設籍」為標準，定義「部落成員」。
如果一個部落成員，無論認同、實踐為何，只要他因就學、就業等原因，把戶籍遷出去，就不再是〈諮商同意辦法〉中的「部落成員」，而失去部落會議、諮商同意權的資格。
又如果一群阿美族人、與一群卑南族人，只要住在同一個村子裡，無論認同、實踐為何，都會被視為「同一個部落」的成員，共同在一個部落會議裡面，共同行使諮商同意權。在文化並未融合的聚落中，就容易產生文化衝突、甚至引發民族性的問題。
此外，「部落」需由原民會「核定」。即使不是民族性的問題，但在生活空間的分隔上，自我認同不同的部落間，也可能被原民會核定為「一個部落」，使得距離最近的部落，自主權利遭到稀釋註釋。
例如在亞泥案上，6個各有自我認同的聚落：Dgarung（德卡倫）、Rowcing（落支煙）、Skadang（大同）、Huhus（大禮）、Ayu（中富世）、Qrgi（可樂），被原民會核定為一個部落：Bsngan（玻士岸）。這使得部分Ayu的族人不滿，認為自己的聚落最近、自主權力卻被其它5個部落稀釋。
五、關係部落
一個開發案，可能涉及到不只一個部落。對於這種情況，〈諮商同意辦法〉以「過半數『關係部落』通過」來處理。
比如說，鄉公所認定有3個關係部落，3個關係部落各自進行部落會議投票，2個部落的投票結果是「同意」，1個部落的投票結果是「不同意」。這種情況下，就會被視為「部落同意了」，不論其中有一個部落不同意，也不論3個部落受到的影響類型、程度是否有差異。
爭議之處包括，鄉鎮公所對關係部落的認定是否合理？開發單位可能存有操作空間，以納入更多影響輕微、或友好的部落，來消除掉不同意部落的權力。〈辦法〉自訂的關係部落機制，有無違背個別部落在《原基法》第21條的權力等。