交給民航局
- 2019年12月31日，因應中國武漢出現多起不明原因肺炎病例，台灣政府啟動邊境檢疫，對武漢直航入境班機進行登機檢疫，評估旅客健康情形、宣導預防措施；加強入境旅客發燒篩檢、進行疑似病例之旅遊史、職業別、接觸史、群聚情形詢問、健康評估及衛教宣導。（參考）
- 2020年
- 1~2月，航空業的工會團體，陸續開始爭取多項自主防疫的措施，並向外界傳達機組人員缺乏口罩、防護衣等物資。
航空業是一個力求滿足客人的行業，公司常有禁止戴口罩、手套等儀容規範、供應機上熱食等服務。
然而，航空業機組人員亦是跨境傳染病傳播的高風險族群，尤其是長途的航班，工作特性包括在他國入出境過夜、近距離接觸旅客、長時間待在密閉的機艙……等。
隨著疫情升溫、及在工會的爭取下，各航空公司才陸續同意機組人員自主戴口罩、手套、平光或護目鏡、停供熱食等。 - 3月14日，中央疫情指揮中心將歐洲27國及杜拜等地區列為「第三級警告」，機組員執行相關地區勤務後，返臺須進行14天居家檢疫。
- 3月16日，航空公司擔心人力不足，希望指揮中心免除機組人員14天居家檢疫的規定。
- 3月18日，中央流行疫情指揮中心指揮官、衛部部部長陳時中表示，隔日（19）起所有外國地區皆列為「第三級警告」，所有入境者皆需居家檢疫14天。
對於航空業，陳時中表示「居家檢疫14天」會讓航空公司停擺，但會要求航空公司負責、達到如同居家檢疫規定的不能外出、與社會區隔開來（參考）；副指揮官、內政部次長陳宗彥表示，早上與航空公司及民航局開完會，舉例會讓機師過境不入境、機組人員入住過境旅館等（參考）。 - 3月19日起，台灣全面境管，但對航空業機組人員的管理措施，在之後的數天裡，外界、甚至是基層的機組人員，一直都無法確認明確的訊息。
相較一般民眾的居家檢疫，是由民政局等政府機關關懷、管理，陳宗彥表示，機組人員的防疫措施，會由航空公司執行、民航局督導（參考、參考）。民航局訂定《國籍航空公司實施機組人員防疫健康管控措施作業原則》，但不對外公開，也一直未對外說明（參考）。
機組人員本身，陷入訊息混亂的狀況，收到「自主健康管理」通知書，但被要求「非必要不得外出」，而又不清楚「必要」的定義……等（參考）。 - 3月27日，在幾日的混亂後，民航局首度出席指揮中心記者會，並發布「補充管理原則」新聞稿，訂出「貨機3+11，客機5+9」原則。要求長途航班組員返台後，貨機組員的前三天、客機組員前五天不得外出，也不得排班。在此之後至第14天，則可以派飛、外出執行公司指派的公務、或生活必要所需，但除此之仍不得外出。
紐西蘭機師
- 12月18日，案765，長榮航空紐西蘭籍機師確診。
- 12月20日，案771為本土病例，打破台灣253天零本土確診的紀錄。透過疫調，指揮中心研判案771是受到案765紐籍機師感染。由於紐籍機師涉及疫調不實、後又傳出態度惡劣，且讓台灣零本土紀錄止步，引發許多民眾的不滿，以及社會的高度關注。
紐籍機師後被以未詳實告知接觸及活動史，防礙防疫措施介入時機，造成傳染他人及社區感染風險，依《傳染病防治法》第67條第1項第3款加重處罰30萬元。（參考）；長榮航空則因違反指揮中心指揮官相關應變處置措施，依《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》第16條第1項第3款開罰100萬元。（參考） - 2021年
- 1月1日起，機組人員檢疫措施調整為「7+7」，前7天檢疫期不得外出，但可派飛長程航班；7天後採檢PCR確認陰性後，加上7天「加強版的自主健康管理」。
適用一般人的「自主健康管理」，多為應「避免」的事項；「加強版的自主健康管理」則是「禁止」，包括禁止搭乘公共運輸工具、禁止出入公共場所、外出必須佩戴口罩、需詳實記錄行程及接觸人士等。（參考）
工會團體指出，在過去8月個裡，機組人員檢疫54,000多人次，多數空服員都有配合防疫；23起違規事件，為航空公司的管理疏失、與少數人的個人行為，卻讓全體人員遭到違反人權的管制。
指揮中心表示，待航空公司依新制上軌道，觀察1個月，民航局確認可及早監測違規者並啟動矯正措施後，專案向指揮中心報告，經指揮中心評估及同意，可調降回低風險模式（參考）。交通部長林佳龍則表示，觀察1個月後滾動式檢討（參考）。
縮短檢疫，不可派飛
- 1月14日，衛福部正式公告，委託交通部辦理航空公司機組人員的居家檢疫、自主健康管理等管控監督及違法裁罰等事項（參考）。
- 2月5日，長榮航空希望放寬飛航執勤期間限度，讓長途航班帶兩組機組人員、避免在境外過夜。
空職工、機師工會、全航總、華航企工、長榮企工等工會都對民航局表示反對意見，工會認為，公司僅是以疫情為由，實際上是想省下國外住宿成本，卻會讓機組人員更加疲累，引響飛安（參考、參考、參考）。 - 華航因航權、班型與長榮不同，無法由長榮的提案中受益，也持反對意見。
- 2月26日，機師工會行文給指揮中心、民航局、勞動部……等單位，以及范雲、洪申翰等過去協助過相閞議題的立委（參考）。表示與醫師合作的調查研究結果顯示，超過一年多的檢疫無限循環下，近6成機師出現較過往嚴重的失眠問題、逾7成感受到較過往更大的精神壓力（參考）。
- 3月12日起，民航局表示，為讓航空公司能順利調度，機組人員檢疫措施調整為「5+9」，5天居家檢疫後，採檢PCR為陰性才完成檢疫期，之後再加上9天加強版的自主健康管理（參考）。
- 4月4日，首批疫苗抵台，最先由第一類的「醫事人員」開始接種。12日起，開放第二「政府防疫人員」與第三類「高風險一線人員」接種。機組人員屬第三類。（參考）
- 4月15日起，由於國內疫情穩定、加上開始有疫苗來台，指揮中心進一步同意機組人員檢疫措施調整為「3+11」，3天居家檢疫，檢疫期不可派飛，結束當日PCR檢驗陰性後，加上11天自主健康管理。
不過開始加上疫苗特別條款，4/15起，有接種疫苗者為「0+7」，僅需7天自主健康管理；同時也預告，6月12日後，未施打疫苗者將改為「5+9」。（參考）
華航-諾富特事件
- 4月20日，華航印尼籍貨機機師於澳洲確診；同日2名華航機師在台確診。之後多名華航機組人員陸續確診。
- 4月29日，作為華航防疫旅館的諾富特酒店房務領班確診。原先許多華航確診的機組人員間，無法確認接觸史，研判諾富特為串聯確診病例間的可能關係。
諾富特爆出多項嚴重的防疫問題，如僅申請「二館」為防疫旅館，卻讓部分華航組員入住一館，又未與一般房客分流，員工防護措施不足，未確實消毒就讓下組房客入住……等情況（參考）。諾富特因一館8樓非防疫旅舍卻收住檢疫者，由桃園市政府依《傳染病防治法》第70條，按日開罰6,000元，共計126萬6千元，並因未落實清潔消毒與從業人員管理，依《發展觀光條例》另外開罰15萬元（參考）；華航則因未落實防疫措施與督導之責，依《民航法》第112條第2項第5款罰100萬元（立法院交通委員會2021/5/10報告）。但對於該負責的政府機關，指揮中心、民航局、桃市府互踢皮球，無政府機關承擔責任（參考）。 - 5月12日，「華航-諾富酒店群聚」案的疫情調查暫告一段落，包括14名華航機組人員、12名機組人員家人、7名諾富特相關工作人員、3名諾富特人員家人確診，另有一名機師於澳洲確診（參考）。
- 5月13日，因應萬華區出現不明感染源COVID-19本土病例，中央流行疫情指揮中心對曾於相關時間及地點出入之民眾，發送疫情警示簡訊。萬華地區後成為最嚴重的社區感染地區之一，病毒基因定序與華航-諾富特群聚事件相同，但尚無找出連結接觸者。
- 5月14日，社會出現質疑，是工會團體透過立委施壓指揮中心將機組員檢疫機制改為「3+11」。機師工會發文澄清，並表示是航空公司與諾富特的管理問題，才造成華航-諾富特事件；機師工會也指出，4/15的機制雖然減短了檢疫期，但同時增加限制，航空公司於檢疫期間不得派飛，也縮短了採檢頻率。因為有這些調整，才避免華航-諾富特群聚更大的擴散（參考）。
- 5月15日起，台灣疫情訊速升溫。15日新增病例186例，包括181例本土病例。中央流行疫情指揮中心宣布，15日台北市、新北市為第三級警戒區域；19日全國為第三級警戒區域。
- 5月29日，對於外界質疑機組人員檢疫天數，陳時中表示只是改回3+11，並表示「指揮中心政策都由我來負責」（參考）。
- 6月1日，指揮中心公開宣布，6月12日後，未接種疫苗的機組人員改回「5+9」。
- 6月2日，監察委員浦忠成與蘇麗瓊，針對機組人員檢疫措施申請自動調查（參考）。
最後編輯：2021/6/2 王子豪