因應「嚴重特殊傳染性肺炎」（俗稱「武漢肺炎」），中央流行疫情指揮中心針對不同對象定訂各種管制措施。部分措施有強制性，可能令受雇者非自願性的無法上班，因此也讓這些管制措施下，勞工的「假別」與「薪資」成為備受關注的議題。
勞工本人被迫無法出勤
為了「防疫需求」而有管制措施，但對於相對應的配套或補償機制，卻沒有來得及全數到位。
依照勞動部的說明，最明確的是「確定被感染的人」。確診者中，如果是「因為工作、職務」而被感染，勞工可以依循職業災害相關規定獲得保障與補償，包括治療期間視為公傷病假可以取得工資。
但如果不是因為工作、職務而被感染，為了防疫需求一樣要被隔離治療，而無法出勤。但因為不是職業災害，勞工就必須要自己請普通傷病假、特別休假或事假療養。
至於沒有被強制限制的「自主健康管理」者，勞動部說，如果是雇主覺得有疑慮，而叫你先不要來上班，那屬於《民法》第487條的「受領勞務遲延者」，雇主仍需給付薪資；但如果是勞工自己覺得在家休息比較好，則一樣以普通傷病假、事假或特別休假，或協議調整工作時間處理。
而在其中的模糊的部分，現在都沒有明確的機制。包括非因工作而被感染確診者，被強制要求「隔離治療」；以及「居家隔離」、「居家檢疫」者，皆被強制限制不得外出而無法出勤，若強制其需要請病假、事假、特休等辦理，直接對勞工的薪資、以及全勤等造成影響。
針對「因為職務」而導致的「居家隔離」、「居家檢疫」情況，新北市勞工局則表示，雇主應該給付薪資。新北市勞工局說明，雖然未確診前，不是「職業災害」，不符合《勞工請假規則》第6條的「公傷病假」，但新北市勞工局認為這是相似的屬性，並作出「應給薪」的建議。新北市勞工局表示，過去沒有相似的案例，目前中央勞動部也沒有就此給出統一的說明，未來若發生勞資爭議，新北市勞工局也會採取這個立場認定。
至於更全面的機制，中央流行疫情中心指揮官陳時中表示，細節會由政務委員召集相關部會研議，透過修法，給予隔離、居家檢疫者合理的補償。
勞工親屬的需求
除了本人遇到的「隔離治療」、「居家隔離」、「居家檢疫」以外，勞工也可能因為親屬照護的需求而面臨出勤的困難。
如果有照顧家人的需求，除了勞資協議、請事假、特休以外，勞動部表示，也可依《性別工作平等法》第20條請「家庭照顧假」。不過「家庭照顧假」的規則，日數需併入事假計算、薪資也依事假計算，而且一年以7日為限。和一般事假相比，「家庭照顧假」多的保障，僅為「雇主不得視為缺勤而影響其全勤獎金、考績或為其他不利之處分」且「雇主不得拒絕」而已。
防疫照顧假
「防疫照顧假」是台灣針對武漢肺炎，透過《災害防救法》實施的應變措施。目前實施的期間，限定在2020年2月11日至2月24日之間，適用的對像是有12歲以下學童、或有就讀國高中並持身心障礙證明之子女的家長，其中一人可以請防疫照顧假。雇主必須准假，可以不用給薪，但不能扣全勤。
1月20日，衛福部因應武漢肺炎疫情，依《傳染病防治法》第17條成立「中央流行疫情指揮中心」。依據《生物病原災害防救業務計畫》，《傳染病防治法》中的「中央流行疫情指揮中心」可以作為《災害防救法》中的「生物病原中央災害應變中心」並適用《災防法》。
2月2日，中央指揮中心決議全國高中以下延後兩週開學，開學日由原本的2月11日延至2月25日（指揮中心、教育部）。
由於「全國高中職以下延後開學」的適用對像，包含國小以及公立幼兒園，幼童可能有家長照顧的需求。2月3日，中央指揮中心決議，依《災防法》第31條第1項第11款提出「防疫照顧假」的措施：有12歲以下學童的家長，若為受雇者，在2月11日至2月24日間，其中1人可以請防疫照顧假，雇主應序准假，且不得視為曠工、強迫勞工以事假或其它假別處理，且不得扣發全勤獎金、解僱或其它不利處分（參考）。但沒有在「薪資給付」的部分予以規範，也就是說，雇主可以不用給假期間的薪資。
此時的措施，適用對像不包括「私立幼兒園」之家長；且部分在11日前已開學的幼兒園，不符何字面「延後開學」的條件。
7日，中央指揮中心再發公文，補充防疫照顧假的適用範圍，在11日至24日間，包括私立等所有幼兒園學童之家長、有身心障礙的國高中生之家長，都可以請防疫照顧假，並確認「家長」包括父母、養父母、監護人、或如爺爺奶奶等日常實際照顧者（參考）。
《SARS暫行條例》
2003年，在SARS期間，立法院為了因應疫情，訂定了有期限限制的《嚴重急性呼吸道症候群防治及紓困暫行條例》。《SARS暫行條例》第8條第2項對被隔離者明定予以公假的保障「受隔離者於隔離期間，其任職之公、私立機關 (構) 、學校、團體應給予公假，不受相關法令規定之限制」。不過這個暫行條例只針對SARS疫情期間有效，並在2004年底屆期失效。