在SARS疫情期間，2003年5月立法院通過《嚴重急性呼吸道症候群防治及紓困暫行條例》（簡稱《SARS暫行條例》） ，施行日期回溯自2003年3月1日起至2004年12月31日。行政院以特別預算編列了500億元的經費，包括與「防治」有關的醫療保健支出約298億元，以及與「紓困」有關的經濟服務支出約201億元。後續中央各部會則各自訂定相關辦法或要點，來執行《SARS暫行條例》。
工資補貼性質的保障
與勞工相關的部分，若受僱者「被隔離」，《SARS暫行條例》第8條第2項規定「受隔離者於隔離期間，其任職之公、私立機關 (構) 、學校、團體應給予公假」，被隔離期間，雇主需要給薪。雇主給薪之後，再依《受嚴重急性呼吸道症候群影響發生營運困難產業及醫療（事）機構紓困辦法》，可向勞保局請領支出薪資的補償金額。
而對於不適用《勞基法》的勞工、以及無固定僱主或自營業者，勞委會（現勞動部）則訂有《勞工因嚴重急性呼吸道症候群強制隔離期間薪資補償及生活扶助要點》，依其第5條，以「薪資補償」或「生活津貼」的名目，依勞保投保的薪資，獲得被隔離日數日薪作為補償的上限（「上限」：補償金額需要扣除掉雇主給付的薪資以及勞工保險傷病給付的金額。）。
兩筆補貼，皆由勞保局以特別預算支應，預算編列3.78億元，但最後實支額僅1.23億元。支付人數，雇主請領的「公假補償」約1萬餘件，勞工請領的「工資補貼」約1千餘件。依當年隔離共15萬人、勞保投保率約35%，請領工資補貼的人數，似有不合理偏低的現象。
隔離補償
而針對「隔離」這個措施本身，另外有給予補償。
確認被感染、而被隔離治療者，若因為被隔離而影響家計，可以先依既有的《社會救助法》申請急難救助；若領取了《社會救助法》的急難救助後，仍有生活困難者，內政部（相關業務後移轉至現衛福部）訂有《嚴重急性呼吸道症候群病人因強制隔離治療致影響家計者急難救助金核發要點》，經查訪核定後，可以領取最高10萬元的急難救助金。這筆最高10萬元的急難救助金，最後合計實際支出約179萬元。
而最後確認沒有感染SARS的被隔離者，內政部則訂定了《嚴重急性呼吸道症候群強制隔離期間慰問金及死亡慰問金發給要點》，以「慰問金」為名義，在隔離期間沒有違反相關規定，每日可以獲得500元的補償，以5,000元為上限。「慰問金」最後合計實際支出約7億6400萬元。