馬鈴薯會自然產生龍葵鹼等生物鹼註釋，過量攝入會導致人體不適。一般供食用的馬鈴薯的生物鹼含量不高，可能介於20~100mg/kg，不至於對人體產生影響。但馬鈴薯會因為發芽、損傷等情況，而增加鹼的產生。台灣在2018年以前，沒有訂定相關的標準，一般民眾透過馬鈴薯的外觀間接判斷，如果發現到有發芽、受損、變綠等情況時，經常代表有著更多的鹼，而不建議食用。
小歷史
2013年，速食連鎖店摩斯漢堡發生民眾吃到「綠薯條」後身體不適的事件，事後薯條被驗出超過1,497mg/kg的龍葵鹼。
2017年，包括摩斯、麥當勞、肯德基……等，數家速食連鎖店都出現綠薯條。在這波事件中，雖然各地衛生局後續的檢驗中，並不認為有龍葵鹼過量的問題，但引發社會擔憂。當時台灣尚未針對馬鈴薯訂定生物鹼標準，依據當時的報導，台灣政府透過將「變綠」視為〈一般食品衛生標準〉中的「變色」進行稽查。
2018年1月，農委會訂定「食用馬鈴薯輸入檢疫條件」註釋，規定發芽的馬鈴薯（「食用馬鈴薯附帶長度超過五毫米以上之芽體」）不得輸入台灣。而依據〈植物防疫檢疫法施行細則〉第17條，除非另有規定，否則檢疫結果「應以整批為之」。
生物鹼（alkaloids）是植物產生的含氮有機化合物，多具毒性或藥理活性。龍葵鹼（solanine）屬於其中的配醣生物鹼（glycoalkaloid），是馬鈴薯為抵禦昆蟲、病菌而自然生成的防禦物質，主要成分為α-solanine與α-chaconine。過量攝入可致頭痛、噁心、嘔吐、腹痛，嚴重時影響心跳與呼吸。（中國醫藥大學附設醫院）
另外在2018年5月，衛福部則訂定〈食品中污染物質及毒素衛生標準〉，規定馬鈴薯的生物鹼註釋含量不得超過200mg/kg。
具體規範的是「總配醣生物鹼/茄鹼(Glycoalkaloids, total)：α-solanine 及α-chaconine之總和」不得超過200mg/kg。
這兩者含量約佔了馬鈴薯數十種生物鹼的95%。
美國眼中的貿易障礙
美國連續從2018年、直到2025年，每年的「各國貿易障礙報告」（NTE, National Trade Estimate Report）都點名到台灣的馬鈴薯進口政策。
在2018、2019年的NTE中，美方質疑的是台灣政府會禁止「變綠」的馬鈴薯進口。隨著台灣法規上路，不再單純禁止「變綠」的馬鈴薯進口，美方的質疑在2022年後也轉變成針對「整批退貨」進行挑戰。
2026年2月6日，台美貿易談判期間，農業部針對美國的加工用馬鈴薯，發布〈美國產加工用馬鈴薯輸入檢疫條件〉。相比於其他國家的馬鈴薯的進口，如果被發現一顆違反發芽規定、會被整批退貨；美國的加工用馬鈴薯則被特別允許，不會被整批退貨，而是可以先送往加工廠，在加工廠內再挑掉腐爛、發霉、發芽的馬鈴薯。
隨後在2月12日，這項規定被列進台美對等貿易協定《ART》第3.3條第53項。雖然《ART》尚未經過台灣立法院通過、還沒生效，但透過農業部行政命令發布的〈美國產加工用馬鈴薯輸入檢疫條件〉則已生效，並在2026年NTE中被美方強調。
台灣在 ART 新規下要求美方強化馬鈴薯出口前的清洗及發芽抑制劑施用。美國最常用的發芽抑制劑為氯苯胺靈（chlorpropham, CIPC），因代謝產物具潛在致癌疑慮，歐盟已於 2020 年全面禁用；美國環境工作組織（EWG）分析指出，美國馬鈴薯清洗後仍有 90% 驗出 CIPC 殘留，平均濃度接近 3ppm。
台灣進口馬鈴薯美國佔比
稅則 0701900000 「馬鈴薯（種薯除外），生鮮或冷藏」
稅則 0701900000「馬鈴薯（種薯除外），生鮮或冷藏」。資料來源：財政部關務署海關進出口統計