2025/4/18，立法院院會通過民眾黨黨團提出「重啟核三」公投案，逕付二讀並交付協商，其主文為：
您是否同意第三核能發電廠經通過整體安全評估後，恢復繼續運轉？
在協商冷凍期的一個月期間，5/13，《核子反應器設施管制法》第6條修正通過條目，5/17，核三廠2號機執照到期，停機解聯，台灣已無在役和電機組。5/20，該公投案在立法院院會通過三讀，主文修正為：
您是否同意，第三核能發電廠經主管機關同意確認無安全疑慮後，繼續運轉？
立法院提案的公投
《公民投票法》第2條第2項，全國性公民投票適用「法律之複決」、「立法原則之創制」、「重大政策之創制或複決」三種情形；而第15條第2項，立法院針對「重大政策之創制或複決」事項，經院會通過後，可以直接提出全國性公投案。
在此之前，沒有循此管道成立的公投案，第11屆立法院，呈現「朝小野大」的局面，除了「核三重啟」公投外，在野黨利用立法院的提案權，也提出「反廢死」、「反戒嚴」及「不在籍投票」等三個公投案註釋。
- 反廢死公投主文：您是否同意「各級法院合議庭法官判處死刑不須一致決』之政策？」，國民黨團提案。
- 反獨裁公投主文：你是否同意「政府應避免戰爭，不讓台灣變成實施軍事戒嚴、青年喪命且家園被毀的烏克蘭？」，國民黨團提案。
- 不在籍公投公投主文：您是否同意「為保障人民參政權，您是否同意政府應於二年內於中華民國自由地區之各項選舉、公投，落實移轉投票制度法制化？」，民眾黨提案。
「重啟核三」公投在2025/4/18出經濟委員會，交付協商，5/19之後冷凍期結束，可以由院會處理二、三讀，《公投法》規定「經立法院院會通過後十日內，交由主管機關辦理公民投票」，依據《公投法》第23條，每兩年8月第四個週六投票，最近一次為2025年8月23號，民眾黨主席黃國昌希望推動屆時進行公投。
公投的效力
2025/5/13，核管法三讀，賦予已除役的三座舊核電廠重啟的法源參考，總統公告後，還需要修正核安、環評等法規，由台電提出重起的申請，之後審議參考。
修法已經完成，相關法規勢必會修正，如果台電提出重起申請，環保、核安機關也必然會審議，所以核三是否重起的關鍵，只有在民進黨執政下的台電，是否主動提出申請，所以這個公投所可能拘束的，只有台電（經濟部）是否提出重起申請。
但是從《公投法》的規定，是否如此具體，還有爭議，《公投法》第30條第1項第3款僅要求，公投通過後，政府機關需要做「為實現該公民投票案內容之必要處置」。
以2018年的「反空污」與「反燃煤電廠」兩項公投為例。
「反空污」公投要求「平均每年至少降低1%」火力發電廠發電量，政府需於兩年內遵守公投內容。經濟部以2018年火力發電量為基準，2019年減少3.6%，認為兩年內已達標；2020年雖火力發電量回升，但政府認定公投效力僅限兩年，後續未再執行。
「反燃煤電廠」公投主張停止新建、擴建燃煤發電廠，公投通過前深澳電廠擴建案已停止，公投後政府未再推動新燃煤電廠，但原有燃煤機組持續運作，能源結構未有重大調整。
「重啟核三」公投若通過，「推動政策」與「做必要處置」是不是就一定是「提出重起申請」？而在相關法規修正後，台電要提出重起申請，也需要時間，到時候如果超過兩年，這個公投結果，也不再有拘束力。
重啟核三公投的問題
除了《公投法》的校問題之外，「重啟核三」公投，還有另外的問題，《核管法》修法後，已除役核電機組已有重起的法源，行政部門修改法規後，是否申請重起，完全由台電決定；而公投通過的主文註釋為「您是否同意，第三核能發電廠經主管機關同意確認無安全疑慮後，繼續運轉？」，並沒有給予台電提出申請，或其他義務，與現狀可說是完全一致。
原本民眾黨（4/18）提案的主文是「您是否同意第三核能發電廠經通過整體安全評估後，恢復繼續運轉？」。
事實上，在自從有「核管法修法」和類似延役公投的想法被提出後，在藍、白內部，就有不少質疑的聲音，認為這種作法只是幫早就在核電議題上搖擺的民進黨解套，在「核三延役公投」三讀後，提案人之一的張啟楷，也不忘強調是否重起，完全要由民進黨負全責，意思也就是，不想用這個公投幫民進黨背鍋。