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政黨輪替前、與「台獨」揪扯的公投
- 1947年 公民投票從最早開始，是跟「台灣獨立」互相糾纏的。成立海外第一個台獨組織「台灣再解放聯盟」的廖文毅，在1945後倡議「聯省自治」，這時的他僅追求台灣自治、尚未有台獨思想，但在228事件遭通緝後，他逃亡海外，思想開始有所轉變，1947年美國特使魏德邁（Albert Coady Wedemeyer ）訪華時，廖文毅拜訪魏德邁，並遞上「處理台灣問題意見書」，意見書中表示，台灣的歸屬，必須尊重台灣人的意志，用公投來決定參考。
- 1977年 美國在6月發表「一個中國政策」，在8月國務卿范錫（Cyrus Vance）訪問中華人民共和國前，台灣基督教長老教會發表「人權宣言」，除要求時任美國總統卡特本著人權道義精神，在與中共關係正常化時，能堅持「保全台灣人民的安全、獨立與自由」，並堅決主張「台灣的將來應由台灣一千七百萬住民決定；並且為了達成台灣人民獨立及自由的願望，長老教會並促請政府面對現實，使台灣成為一個新而獨立的國家」參考。
- 1978/12/16 美國宣布將與中華民國斷交，並自1979年1月1日起，與中華人民共和國建交。
- 1978/12/25 黨外召開黨外人士國是會議，聲明反對任何強權支配其他國家人民的命運，台灣的命運應由一千七百萬人民來決定參考參考
- 1986/9/28 民主進步黨成立
- 1990/5/2 高雄楠梓區後勁部落反對政府增設第五套輕油裂解廠，在1月經濟部決定動工後，自救會議舉辦「民意調查」，由後勁地區居民決定五輕去留。投票率為66.4%，「堅決反對」者有60.8%， 「同意協商」者有39.2%。事後政府以此次公投無法源依據為由，不採納公投結果參考。
後勁公投是台灣第一次地方性「公投」，主因是在地抗爭者希望透過公投展現「民意」。後續《公投法》立法前的多次地方性公投多半也類似於此，與黨外、民進黨希望透過全國公投讓「台灣人作主」的出發點不盡相同。但也有部分地方性公投在爭議過大後引發全國性公投的推動，如1990年代中期的核四公投。
- 1990/11月 美國紐約大學政治學教授蔡同榮返台推動公民投票運動，11月成立公民投票促進會，主張以公投方式，解決兩岸關係、外交政策以及總統大選等議題參考。
- 1991/3月 民進黨於3月18日公佈台灣第一部「公民投票法草案」，草案規定，無論制憲或修憲所產生的憲法條款，涉及國土之割讓、合併的國際條約內容，以及立法院議決通過之法律，係以特定地方自治團體為對象時，非經公民投票表決，不生效力。後來草案遭時任政院院長的郝柏村反對，不了了之參考。
- 1991/10月 民進黨通過台獨黨綱，主張透過公民投票實現臺灣獨立的理念。當時中常委林濁水提案、立委陳水扁建議修正方向，民進黨修正黨綱第一條為：「基於國民主權原理，建立主權獨立自主的台灣共和國及制定新憲法的主張，應交由台灣全體住民以公民投票方式選擇決定」參考。
- 1993-1994年 民進黨立委蔡同榮提出「公民投票法草案」，並提出「以公民投票決定是否以台灣名義申請加入聯合國」。國民黨以加入聯合國已是全民共識不需公投為由，阻擋聯合國公投案，但因在其他法案與民進黨做交換，最終「公投法草案」順利付委。
原本國民黨內的「新國民黨連線」強烈反對公投法，但在1993年8月出走國民黨、另組新黨後，新黨認為台獨公投無法得到多數台灣人民支持，在政治運動的考量改支持公投立法。
因應在野力推《公投法》，政院在1993年底提出「創制複決法草案」；1994年3月，「協商版」〈公民投票法草案〉通過委員會審查，5月進入二讀程序，但因國民黨強力杯葛，公投法暫緩審議，最終因屆期不連續而胎死腹中參考。
- 1994年 政院一次編列八年核四預算，貢寮鄉公所就核四興建與否舉行貢寮鄉民，反核團體與民進黨大力投入，鹽寮反核自救會在投票前的最後一周，在福隆車站、貢寮車站、龍洞和澳底仁和宮，進行夜間的反核演講，時任民進黨主席的施明德也曾帶隊掃街。最終結果，公投投票者中有96%民眾反對核四，但中央政府以無法源依據為由，不採納公投結果參考參考。
- 1994/7月 核四預算通過，慈林文教基金會董事長林義雄發起「核四公投，十萬簽名」靜坐絕食活動，要求用公投決定是否興建核四，在六天中獲得了十一萬五千多人的簽名響應。簽名活動後，林義雄發起「核四公投促進會」，明定宗旨為：透過促進「用公投決定應否興建核四，來喚醒台灣人民的主人意識、培養台灣人民行使主人權利的能力」。
林義雄明言，促進會所追求的目標，是要促使台灣人民能夠有主人意識、有主人能力，因而能真正地「當家作主」，核四公投只不過是達到「人民作主」這個目標的手段而已參考。也就是說，核四地方性公投是由地方推動，目的是擋下核四，但後續林義雄推動的全國性公投，雖然公投標的同樣是核四，但他主要是希望用核四這個「爭議性話題」，透過公投讓「人民作主」。
- 1996/5月 1996年3月，中華民國舉辦第一次總統直選，民進黨僅拿下21.13％選票，創下建黨以來於全國性選舉最大挫敗。大選過後，民進黨學運世代黨員發起「反對運動大辯論」，批評黨內「口號台獨」、「教條台獨」與「務虛文化」。5月，年輕世代發布《台灣獨立運動的新世代綱領》，綱領中明言，「台灣獨立，不一定以『台灣』為國家的名稱」參考。
- 1999/5月 前總統陳水扁準備參選2000年總統選舉，陳水扁身旁策士計劃修改台獨黨綱，以利參選，但當時民進黨內強力反彈，經過協調，民進黨改以全代會聲明，以台灣獨立事實已確立為由，強調維持現狀，國號即為中華民國，將台獨黨綱重新詮釋為「公投黨綱」，並對外宣傳，民進黨沒有台獨黨綱、只有公投黨綱，公投是人民權力，但若台灣現狀未被改變，則不會施行公投。此在全代會上通過的，即為〈台灣前途決議文〉參考參考。
公投法立法與補正公投法爭議
- 2001年2月 前行政院院長張俊雄於2000年宣佈停建核四，大法官做出釋字第520號解釋，認為政院未事先向立院提出報告就片面宣布停建核四，與憲法規定不符；政院於2001年2月14日宣布核四續建，政院院長張俊雄強調，希望透過公投解決核四爭議參考參考。
- 2003/5月 2003年SARS爆發，台灣因不是WHO會員，未能得到世界衛生組織專家即時資源，該年台灣爭取成為世界衛生大會（WHA）觀察員亦再度受挫。前總統陳水扁在民進黨中常會上，痛批中共阻撓我國參加WHO，要研議加入世衛的公投；5 月底，政院宣布不排除利用2004總統大選，舉辦核四與加入WHO兩項公投參考參考。
- 2003/7月 因民進黨的動作，國親兩黨開始思索如何回應，7月3日確定其公投立法為：反對改變中華民國現狀的公投；公投議題需經立法院通過；大選前三個月不應舉辦任何公投；政務官為公投結果下台的責任制等。因朝野歧見過大，政黨協商因而破局參考。
- 2003/9/6 李登輝為召集人發起台灣正名大遊行，李登輝在遊行上表示，相信總有一天，台灣人民能夠叫出國家真正的名字─台灣參考。
- 2003/9月底 因台灣正名大遊行壓力，為了鞏固綠營票源，陳水扁先是在9月28日民進黨週年慶上，以黨主席身份宣布2006催生台灣新憲法；30日民進黨中常會上，他進一步宣布在2006年以公投制定新憲法參考。
- 2003/10月底 10月24日，民進黨立院黨團提出黨版〈公民投票法草案〉，10月29日，政院提出〈公民投票法草案〉；國親決定正面對決，10月31日聯合提出〈公民投票法草案〉參考。
- 2003/11/26 國親徹夜密談，決定接受防衛性公投，也同意公投可與大選同時舉辦，但一定要有立院公投發動權。在國親版本中，政院不能發動諮商性公投，國親不希望民進黨用諮商性公投拉抬聲勢，也不希望民進黨因防衛性公投條款未過關，取得提出覆議的正當性參考。
- 2003/11/27 立院通過《公民投票法》，主要法案為國親版條文，民進黨版僅加入第十七條「防衛性公投」，在此版本通過後，政院無權發動諮詢公投，也就是說，政院無法發動核四公投、加入WHO公投。此公投門檻規定極高，並將不投票的人視為「否決」，以致於可輕易將一個議案否決．且全國性公投成案前，還須經「公投審議委員會」審議通過才行。此公投版本招遭為「鳥籠公投」參考。
- 2004/3/20 總統陳水扁根據《公民投票法》第17條關於防衛性公投的規定，發起第一次全國性公民投票，公投題目有兩個：「如果大陸不撤除瞄準臺灣的飛彈、不放棄對臺灣使用武力，您是否贊成政府增加購置反飛彈裝備，以強化臺灣自我防衛能力？」、「您是否同意政府與中共展開協商，推動建立兩岸和平穩定的互動架構，以謀求兩岸的共識與人民的福祉？」。但因投票人數未達投票權人數的二分之一，兩案均遭否決參考參考。
- 2004/8月 立院通過〈國會改革修憲案〉，將憲法修正案的議決程序，由國民大會複決改為公民複決參考。
- 2005/6月 我國選舉產生任務性國大，就〈國會改革修憲案〉進行複決，順利完成第七次修憲，廢除國大制度，公投複決修憲入憲參考。
- 2008 「討黨產」、「反貪腐」、「入聯公投」、「返聯公投」與總統大選同時舉行，投票人數都未過門檻參考。
- 2009/11月 核四公投促進會發起「人民作主運動」，宣布將展開為期七週的全國千里苦行，爭取兩岸協議交由人民公投，同時也應補正公投法，降低公投門檻並廢除行政院公投審議委員會參考。
- 2012 馬祖進行博弈公投。雖然公投法規定投票率要有50%才能通過，但此公投透過《離島建設條例》規定，巧票避開投票率50%門檻，使得博弈公投投票率雖未到50%，但在贊成者57%、反對者42%的情況下，公投結果仍為「通過」。後續中央未訂定相關的「博弈條例」，此公投結果亦不了了之參考。
- 2015/4/10 由林義雄擔任榮譽召集人，人民作主、島國前進等團體組成「410還權於民工作小組」，號召民眾重回立法院，對朝野立委施壓，盼在通過公投法補正和罷免制度修正他們也希望在這週內和4大黨主席公開會面，請政黨領袖回應民主改革的呼聲。在補正公投部分，工作小組訴求，補正公投法應擴大全國性公投適用範圍、廢除行政院公投審議委員會設置、公投提案門檻降至萬分之一、公投連署門檻降低至1.5%參考參考。
「鳥籠公投」修法與後續爭議
- 2018/1/3 公投法修正條文公布施行，降低公投提案、連署門檻，廢除公投審議委員會，在修法後，只要投票中有效同意票數多於不同意票，且有效同意票達投票權人總額四分之一以上，公投案即為通過。此外，公投年齡由20歲降為18歲，並可不在籍投票參考。
- 2018/11/24 因《公投法》降低公投的門檻，2018年共有10案公投案成案，並與九合一大選同時舉行。其中「反空污」、「反燃煤發電」、「反日本核食」、「民法婚姻限定一男一女」、「國中小禁止實施同志教育」、「非民法保障同性共同生活」、「廢止電業法非核家園條文」等7案通過，這也是台灣首次有公投議案得到通過參考參考。
因九合一選舉綁了 10 個公投案，選票數量空前眾多，中選會亦未先預估到實際投票狀況，使得投開票過程狀況百出。
各種不同投票模式（如只想投選舉、只想投公投或都想投）的選民都要一起排隊，進到投票所才能表達要投公投或是選舉票，又因公報太晚發放，不少選民到投票所才閱讀公報，甚至是在圈選時才詳閱，十張公投票大大拉長了圈票與排隊時間，許多都會區投票所要排隊排一、兩個小時以上，有些選民排得不耐煩就直接棄投，最後到晚上快八點，全台灣才完成了投票。參考
- 2019/6月 民進黨以公投綁大選亂象為由，對《公投法》再度進行修正，新修正的《公投法》訂定自2021年起，每兩年舉行一次公投，8月第4個星期六為公民投票日，公投將與大選脫鉤參考。
- 2021/12/18 此次公投共有四案，分別為「核四商轉」、「反萊豬」、「公投綁大選」、「珍愛藻礁」。原本2021年公投日為8月28日（第4個星期六）舉行，但因疫情影響，將延期至2021年12月18日舉行參考。