自2010年1月1日起，歐盟實施《捕魚追溯條例（Catch Certificate Scheme）》，重視漁產品的可追溯性，並對不能有效打擊「非法（Illegal）、未報告（Unreported）及不受規範（Unregulated）」的「IUU捕魚行為」的國家進行審查與管制，試圖阻止來自非法漁船或不合作船籍國的產品進入歐盟市場；而歐盟執委會（European Commission）在2015年10月1日就認定台灣漁業充斥這些行為，違反聯合國所制定的「預防、制止和消除IUU國際行動計畫」（IPOA-IUU）的相關規範，因此對台灣遠洋漁業做出「黃牌」警告（歐盟黃、紅牌名單，2017年11月更新），並進入諮商期，給予 6 個月之觀察時間，屆時若仍未改善，將可改列為「紅牌」名單，而至今台灣仍在「黃牌」名單上。
台灣若從警告意味的「黃牌」更進一步被列為代表違規的「紅牌」名單，就可能面臨貿易制裁，屆時台灣漁獲將無法輸入歐洲，每年漁獲貿易預估將損失新台幣70億元，除此之外台灣漁船也將無法再進入歐盟港口停泊，且若美、日等國也跟進制裁，將可能影響台灣漁業年產值500億元以上。
若要脫離黃牌名單，歐盟提出立法、執法、以及改善海內外實際作業管理方式等要求；對此農委會表示，自2015年起政府就積極進行，除在2016年修訂「遠洋漁業三法」外（包括《遠洋漁業條例》、《投資經營非我國籍漁船管理條例》修正與《漁業法》部分條文修正），並經常與歐盟視訊、書面交流往來，漁業署也於2017年設立「24小時不間斷監控中心」，並建置VMS「漁船監控系統」、增聘觀察員至全球港口執行觀察記錄任務，相關預算從2016年的2億，提高到2018年的4億。
但對於台灣政府所謂的「積極改善」，歐盟的看法卻不同，2018年3月歐盟官員再次來台時，仍將台灣漁業維持在「黃牌」名單。
理由是歐盟官員認為，台灣相關法規、硬體設備雖皆已到位，但「執法」面仍不甚理想，其中關鍵點就是在歐盟官員3月訪台之前，漁業署並未開出6百萬以上的「重大違規」罰單，多半僅對情節輕微的漁船開罰；對此農委會解釋，這是由於有些違規案件需要跨海調查，會耗費不少時間，且3月份最新的違規案件懲處，剛好到4月底才告一段落，有時間差，導致歐盟官員3月來時還看不到成果。
農委會並於4月30日召開記者會，說明遠洋漁業違規案件的進度，表示近期就有案例是對單一漁船開罰1,200萬元，為「漁業三法」上路以來，處份最重的一次，因為過去最高只罰到600萬元而已，未來最嚴重的違規案件可罰3,000萬元，再犯者加重處分，最高可罰4,500萬元；根據農委會在5月10日提出的「遠洋漁業條例違規處分名單」，當中的確有一筆新台幣1,200萬元罰鍰、廢止漁業執照的大單，除此之外還有兩筆600萬元額度的罰單。
而在今年（2018）7月，台灣漁船「福甡11號」在南非開普頓港被扣留，成為全球第一起因違反聯合國國際勞工組織（International Labour Organisation, ILO）《漁業工作公約》被扣留的「世界首例」，船上漁工指控業者苛扣薪資、生活環境不佳，也讓台灣漁業剝削漁工情形再次浮上檯面；但在當時，漁業署否認該船違反《漁業工作公約》，而稱僅是因為「船體故障」，但在今年（9）月漁業署對福珄11號展開第二波調查，並在10月4號公佈調查結果，指出「福甡11號」的確涉及剝削漁工。
漁業署同時公布「金昌6號」違法濫捕平滑白眼鮫（黑鯊）及汙斑白眼鮫（花鯊）的指控，並對船主、船長罰鍰1,140萬元，且收回漁業執照6個月及船長漁船船員手冊6個月；而「福甡11號」除剝削漁工以外，是否也與「金昌6號」一樣有濫捕的情形？漁業署表示，根據漁工、船長訪談內容，指出福甡的確有捕撈丫髻鮫類，及少數狐鮫、花鯊等禁捕魚種，但可能都已丟棄處置，並無蒐集到確切證據，於是僅就漁船沒有詳實填報漁撈日記，開罰一百萬元。
今年9/11，在福甡11號返航的前兩日，英國NGO團體「環境正義基金會（Environmental Justice Foundation, EJF）就批評漁業署5月時調查工作是「一次拙劣的檢查」（instead conducted a botched inspection），與漁工受到剝削的情形不符，並在線上發佈《拖網而逃：台灣未能阻止福甡11號剝削漁工及非法捕魚》紀錄片，在片中藉由返鄉印尼漁工的口述與照片，描繪「福甡11號」剝削漁工和非法捕撈瀕危鯊類的行為，EJF亦將相關調查報告提交歐盟，很有可能會影響台灣解除黃牌警告，也因此漁業署也被認為因此大動作重啟調查。
根據媒體報導（參考），漁業署認為「福牲11號」事件屬於個案，應不影響黃牌警告的解除，而原訂於今年9月來台的歐盟調查團，也由於有成員受傷，改於10月8日訪台，而這次歐盟官員來台，台灣又是否能解除黃牌？而國際NGO對「福牲11號」的指證歷歷，是否真的也會如漁業署所言被視為「個案」？最近結果就會出爐。
2019/06/27，歐盟執委會決議將台灣從「黃牌」名單移除。歐洲經貿辦事處處長馬澤璉表示，歐盟認知到台灣過去三年半來，對打擊非法捕魚做出的努力，因此決議解除黃牌；馬澤璉說，他見證了台灣改善漁業法規、使用新的管控工具，以及提高於產品的可追溯性的各種努力，但今天黃牌的解決並非起點，而是確保海洋永續的起點。
最近更新：2019/06/27（侯百千）