2016年1月，高鐵工會預告春節罷工。工會的訴求包含返還違法積欠的「國定假日未休假」及「雙週加班費」，並解決人力不足造成的休假天數不足、工作4小時沒有30分鐘休息、強迫加班等情況。1月21日晚間，高鐵公司與工會達成協議，22日工會把原訂的罷工記者會改為協議說明會，暫緩春節罷工，春節期間員工維持正常營運，罷工沒有發生。

協議內容是，高鐵承諾2016年內補足人力、增聘不足的491人，加班費改依《勞基法》「40工時」新制計算。返還積欠加班費的部分，先給付半額，6個月內完成員工造冊與清算，員工確認後一個月內返還；另一半要等行政訴訟判決，高鐵才決定是否返還。高鐵過去在北、桃、中、高的勞檢被判定違法，訴願失敗後進入行政訴訟。工會理事長黃昱凱表示不滿意，但願意接受。

變形工時是把每天的正常工作時間分配到期間內其他工作日，分配過去的工時仍算正常工時、沒有加班費。高鐵2006年勞資會議通過「雙週變形工時」，同次會議也通過每年總工時2,040小時，做不到會扣假或扣薪；2008年10月又通過「雙週加班費抵扣」，工時差異累積到後面月份扣抵。依工會計算，高鐵員工平均每月工作200小時，積欠的加班費可能超過5億元。依《勞基法》，每日、每週工時各有規範，年總工時不能當作調度的「工時水庫」，實施變形工時也必須事先公布班表。