- 農業生物技術校園午餐禁令
- 現況：2015年起台灣禁止學校午餐使用生物技術食材。
- 2025/2026年報告：持續關切並要求撤銷。
- 協定處理程度：Art. 3.3 para 54-58有農業生物技術條款，但僅要求維持科學和風險為基礎的審核框架及透明化程序，未要求撤銷校園午餐禁令。
- 結果：2026年報告仍然將此列為障礙。
- 投資障礙（外資持股限制）
- 現況：台灣對多個產業設有外資持股上限
- 電信：直接持股49%、直接加間接60%。
- 航空、地勤、貨站、空廚：49%（單一外資上限25%）。
- 國際航線商船：50%。
- 有線電視：20%。
- 衛星電視：50%。
- 化學材料製造、廣電節目、輸配電、郵政：完全禁止外資。
- 2025/2026年報告：逐字幾乎相同地列出上述限制。
- 協定處理程度：Art. 6.1僅要求「不低於第三國待遇」，未要求取消具體持股上限。
- 現況：台灣對多個產業設有外資持股上限
- 基改與非基改農產品分列稅號
- 現況：台灣要求基改與非基改農產品（如黃豆、玉米）獨立報關並分列不同稅則號列。
- 2025/2026年報告：批評此海關行政障礙缺乏科學與技術依據。
- 協定：未直接處理此問題。
- 料理米酒（mijiu）稅率差異
- 現況：台灣對料理米酒課較低稅率，導致進口酒類被課較高稅率形成歧視。
- 2025/2026年報告：持續關切。
- 協定：未涉及酒類稅制問題。
- 其他乙型受體素（beta-agonist）化合物最大殘留容許量
- 現況：台灣未建立萊克多巴胺以外的其他乙型受體素化合物最大殘留容許量，也未提供理由。
- 2025/2026年報告：持續要求台灣基於科學建立最大殘留容許量。
- 協定：僅處理萊克多巴胺，未涉及其他乙型受體素。