焦點事件記者侯百千、孫窮理報導
「變形工時」指的是在一段時間（目前《勞基法》定，有2週、4週、8週三種）內，把1天的「正常工時」挪移到其他天使用，挪移之後，「正常工時」的屬性不變，因此是沒有加班費的；這個名為「彈性」的制度，實際上的作用，就是「沒收加班費」，現在在台鐵就出現因為變形工時，造成加班愈多，加班費愈少的怪現象。
今年（2018）3月，台鐵公告運輸業務人員「常日班」替「三班制」代班，2週內超過4個班次以上，比照「三班制」人員加班時數計算；「常日班」指的是原本每天固定時間上班的人，而「三班制」人員則是「日夜休」班表：以36小時為單位，工作12小時、休24小時，再工作12小時、休12小時，如此循環的人（見下圖）。
在「變形工時」，以及不計時薪的「休息時間」組合之後，目前「三班制」上班的12小時裡，包括了「當日正常工時」、「挪移正常工時」、「加班（延長工時）」，以及「休息時間」，4種不同性質的時段，如下圖：
「三班制」人員到班12小時，只能領1.2小時加班費，已經是常態；過去「常日班」替「三班制」互不干涉，也就沒有太大爭議，但自去年（2016）10月開始，台鐵開始開放「常日班」替「三班制」代班，卻沒有說明加班計算怎麼算，今年3月，台鐵公告，若「常日班」替「三班制」代班，在兩週內超過4個班次，就以「三班制」人員之加班時數加成方式計算加班費。
原本每天工作8小時的「常日班」人員，應該從第9個小時算加班費，工作到12小時，算4個小時加班，就算1小時算「休息時間」，也應該是3小時加班，現在因為代班代得多了，反而變成和「三班制」人員一樣，工作12小時，只有1.2小時的加班費；這引起了台鐵產業工會的不滿。
台產工秘書蕭農瑀說，台鐵由於人力不足，要求「常日班」支援「三班制」，卻要節省加班費，要求「常日班」人員「做功德」，蕭農瑀說，1988年，台鐵企業工會與資方協商，曾經同意過「三班制」人員適用「變形工時」，該制度直到2017年10月，企業工會再次與資方協商，同意「三班制」人員適用「雙週變形工時」，但是在兩次協商中，「常日班」人員皆沒有在同意的範圍內，也就是說，「常日班」人員若要適用任何「變形工時」，皆需要再次經過同意。
因此，蕭農瑀認為，台鐵對「常日班」代班人員加班費計算方式的解釋，是違反《勞基法》第30條，適用變形工「需經工會同意（以及連帶的，第32條，加班工時上限）」的規定的。除此之外，「三班制」人員在「日夜休」班表下，請「日班」只需扣1天假，請橫跨午夜0點的「夜班」時，卻需被扣2天假，也相當荒謬。
對工會的批評，台鐵局運務處處長張錦松回應，加班費的問題是由於台鐵的不同輪值方式，可以分為「常態性三班制」（三班制）與「非常態性三班制」（常日班），而當「非常態性三班制」人員，替班頻率已達「常態性三班制」時，當然就必須比照「常態性三班制」加班費計算；而請假天數問題，張錦松解釋，台鐵的員工身兼公務員與勞工身份，所以適用《公務人員請假規則》，許多假別是以「半天」計算的，而員工則訴求以「小時」計算，雙方認知不同，才會有爭議，目前已在該議題進行討論。