1970年代開始，政府在「拚經濟」的大方向下，放任工廠違規蓋在農地。為了管理違章工廠，政府於2010年修正《工廠管理輔導法》，開放2008年3月14日前既存違章工廠，只要符合「經濟部認定」的低污染業別，就可補辦「臨時工廠登記」，補辦時間至2017年6月2日。而若要用地變更，使農地工廠合法化，須依循《產業創新條例》，集結附近土地向地方政府報編為產業園區。
到了2014年，政府修法將補辦期間拉長，可至2020年6月2日。2015年，經濟部公告，186個工廠聚落可將一般農業區變更為丁種建築用地。總統蔡英文上任後，宣示2016年5月20日之後的新增違章工廠即報即拆，但環團卻發現舉報無用，如彰化縣環境保護聯盟連年取報違章工廠，卻未見政府如承諾的即報即拆。
在2018年民進黨選舉大敗後，面對地方壓力，且違章工廠落日（2020/6/2）即將到來，民進黨政府在政院院長蘇貞昌、政委張景森主導下，將違章工廠管制往「就地合法」的方向修法，此修法在2019年6月27日三讀。
在新修正的《工輔法》中，若已取得「臨時工廠登記」的低污染工廠，將可辦理登記為「特定工廠」。若未辦理臨登的低污染違章工廠，則可在新法施行日（2020/3/20）的2年內（2022/3/20），向地方政府申請「納管」、並在3年內（2023/3/20）提出「工廠改善計畫」。「工廠改善計畫」應該在核定後2年內完成，無法完成可申請展延、但最晚要在2030/3/20前完成。若完成「工廠改善計畫」，即可取得「特定工廠」許可。
而當違章工廠取得特定工廠許可後，可申請將「農牧用地」變成「特定目的事業用地」，就地合法。而合法化的時限，原經濟部版本未明文規定，朝野立委對此亦無異議，僅立委蔡培慧提出附帶決議，要求經濟部應設落日條款，但未獲同黨及其他立委支持。之後因外界反彈、官員遭爆偽造連署，經濟部讓步，違章工廠合法化的落日期限，最終確定為2040年3月20日。
而攸關違章工廠合法化的子法《特定目的事業用地審查辦法》，經濟部於2021年5月7日開始預告，預告期至6月7日結束。未來正式公告後，農地違章工廠在取得特定工廠登記後，可透過設置太陽能光電板、劃設隔離綠帶，並繳納回饋金，就可變更地目，讓低污染農地工廠就地合法。