依據《入出國及移民法》第31條第1項，停留或居留期限屆滿前，有繼續停留或居留之必要時，應向入出國及移民署申請延期。同條第3項規定，如果原本申請居留原因仍繼續存在，逾期居留未滿三十日，交過罰金後，可以向移民署重新申請居留。另外，中央疫情指揮中心於2020年3月16日特別同意，把逾期居留重新申請的日期放寬到「未滿九十一日」。
不過如果是移工仲介的疏失，沒有在這段期限內，幫移工辦理居留證延期，移工仍然將被遣送出國。2021年2月，台灣國際勞工協會（TIWA）與三名移工召開記者會，指出此一現象，當時移民署只回，移工有注意自身居留效期義務；如有損害，可向仲介、雇主等受託人求償。
之後移民署的態度轉向。再度以疫情期間為由，指揮中心於2021年3月22日同意，因雇主或仲介疏失致逾期居留九十一日以上，且聘僱許可仍有效之移工，可以個案重新申請居留事宜。移民署表示，對於不慎逾期居留且聘僱許可仍有效之移工，基於防疫政策考量，可依此原則協助個案辦理，包括協會所陳請協助之三名移工。
至於疫情結束後，又有因雇主或仲介過失導致居留逾期的移工，移民署會如何處理？ 是否有修法的規劃？ 移民署對此表示，須視個案逾期居留情形是否出於故意或過失，另依《行政罰法》第7條規定審認是否不予處罰，沒有針對類此個案修正《入出國及移民法》的規劃。
TIWA研究員許淳淮對此表示質疑，他說，《行政罰法》第7條應早已存在，協會也一再表明移工居留逾期是雇主、仲介疏失，若可用《行政罰法》第7條處理協助移工，為何移民署不早點如此處理？ 他說，仍須等疫情結束後，才能驗證移民署到底會怎麼做。