《鐵路法》第3條第1項規定「鐵路以國營為原則」；除國營鐵路外，尚有「地方營」、「民營」及「專用」等三種類型，《鐵路法》規範國營鐵路（如台鐵）由交通部管理，專用鐵路（如：林鐵、糖鐵等）由交通部監督。
在《鐵路法》中，對於民營及地方營鐵路機構有各項監理規範，如：駕駛檢定發照（第34條之1）、鐵路運輸上必要之設備的監察（第36條）、聯運濟運的調度（第37條）、重大事故監理、應變計畫查核（第40條）、工程、材料、營業、運輸、財務、會計、財產實況及附屬事業之經營的的檢查（第41條）。
不過，因為台灣始終沒有民營地方營鐵路出現，這些條文，也就沒有作用，到了2006年，因應民營鐵路（台灣高鐵）於2007年的通車，交通部將高鐵監理的業務，交由非法定編制機關高速鐵路工程局負責，到了2011年，再成立「鐵路營運監理小組」的任務編組，作為將來負責監理業務的機關完成建置前的準備。
2014年6月，修改《鐵路法》新增第44條之1的規定，讓國營鐵路準用民營鐵路的監理，2018年，《交通部鐵道局組織法》施行，將鐵路監理業務劃歸由「高速鐵路工程局」和「鐵路改建工程局」合併成立的鐵道局（《組織法》第2條第1項第5款，參考條目）。
不過由於《組織法》的母法《鐵路法》尚未修正，這個任務分工的法制化工作也就還沒有完成。2020年4月，交通部（鐵道局）曾提出《鐵路法》修正案，將「全國鐵路網整體規劃」及鐵路監理業務劃歸鐵道局，不過尚未通過行政院送進立法院。
而2018年10月21號，發生普悠瑪事故，行政院於是擴大原有的「飛航安全調查委員會」，成立鑑定海、陸、空重大運輸事故原因的「國家運輸安全調查委員會（簡稱運安會，參考）」，並於2019年4月通過組織法，2019年8月1日揭牌啟動。
交通事故又分為「重大事故」、「一般事故」與「異常事件」，「運安會」負責的是「事故調查」，其介入的強度依序遞減，而「交通部（鐵道局）」除了「事故」之外，還有「日常安全管理」，兩者的分工，可參考鐵道局的簡報。
2020/4/29 預告《鐵路法》部分條文修正；條文對照表。
鐵道系統之事故調查（《交通部鐵道局組織法》第2條第5款）
- 第56條之5第1項：鐵路機構對於鐵路運轉中發生之事故及異常事件，應蒐集資料及研究發生原因，採取適當之預防及改進措施，備供鐵道局查驗。
- 第56條之5第2項：鐵路機構應根據前一年度之事故及異常事件檢討結果，於每年第一季結束前，向鐵道局提出當年度安全管理報告。
- 第56條之6：鐵路機構應建立安全管理系統並報鐵道局備查。
- 第56條之7：鐵道局應對鐵路機構之重大事故進行調查，並就調查結果提出改正措施，命其限期改善。一般行車事故、行車異常事件，有造成列車衝撞、出軌或火災之虞，且經鐵道局認定有調查之必要者，亦同。
2014年6月，《鐵路法》第44條之1：有關國營鐵路之監督，準用第三十四條之一、第三十六條、第三十七條（現，聯運、濟運調度，仍屬交通部）、第四十條及第四十一條規定。
由交通部轉到鐵道局的事項：
- 第10條第1項：全國鐵路網整體規劃。
- 第32條：地方營及民營鐵路機構的工程、經濟、營運狀況定期報告備查。
- 第33條：地方營及民營鐵路機構，須聘僱外籍員工的審核。
- 第34條之1：地方營及民營鐵路列車駕駛檢定發照。
- 第36條：地方營、民營及專用鐵路運輸上必要之設備，認為不適當時，通知其限期改正。
- 第40條：地方營、民營及專用鐵路機構重大行車事故或嚴重遲延通報，隨時將經過情形報請查核；（第3項）要求鐵路機構負責人或相關主管說明。（第4項）就鐵路機構規訂應變計畫之內容及演練情形予以查核，如認為辦理不善，應命其限期改善。
- 第41條：鐵道局應定期或視需要，派員檢查地方營、民營及專用鐵路之工程、材料、營業、運輸、財務、會計、財產實況及附屬事業之經營等情形；必要時，得予查核，並命其提出有關文件、帳冊，如認為辦理不善，應命其限期改善。
全國鐵路網計畫（鐵道局）。