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- 1月27日，中央流行疫情指揮中心發布第一版的「具感染風險民眾追蹤管理機制」，區分出不同的管理分類。例如「居家檢疫」有法律強制力、受管制者不能上班；「自主健康管理」則沒有強制的規範。
- 2月23日，指揮中心在記者會上宣布，將禁止醫事人員出國。醫事司司長石崇良表示，《醫師法》、《醫事法》等都有相關法源可用；限制對象等細節將再討論。
- 2月24日，對於外國地區的疫情分級、以及對照需「居家檢疫」或「自主健康管理」的分類，開始援用疾管署的「國際旅遊疫情建議等級」機制。「第三級警告」為疫情較嚴重地區，入境者需「居家檢疫」，不能上班；「第一級注意」與「第二級警示」為疫情較緩和地區，入境者僅需「自主健康管理」。
- 2月25日，立法院二、三讀通過《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》；總統蔡英文隨即在傍晚公告施行。
- 2月25日，指揮中心函令，醫療院所工作人員於「自主健康管理」期間不得至院所上班。「自主健康管理」對一般民眾其實沒有強制力，但這項針對醫事相關人員的特別規範，加嚴並特殊化了相關人員的管制。
- 3月14日，將歐洲多國提升至「第三級」；3月16日，中東、北非、中亞、東歐多國升至「第三級」；3月17日，亞洲多國、美國3州升至「第三級」。
- 3月17日，指揮中心正式函令，禁止醫院之醫事人員與社工人員出國。欲至「第三級」地區者，需報衛福部同意；至「第一、二級」地區者，需報醫院同意。實施期間自2月23日至6月30日，法源依據為《特別條例》第7條。（公告）
獲准出國者，無論至何地，返國後皆有14天無法上班。對於這14天的薪資問題，石崇良表示，經衛福部同意至第三級地區者，衛福部將予以等別補償；經醫院同意至第一、二級地區者，院方需給付薪資。（報導）
- 3月19日，全面境管，所有外國地區皆列為「第三級」，也等同不再對外國地區的疫情進行分級。而對醫事人員出國的准駁權，也因此全落在衛福部身上。
- 3月24日，修訂《嚴重特殊傳染性肺炎隔離及檢疫期間防疫補償辦法》第2條第1項第1款，增加「未遵守中央流行疫情指揮中心所實施防疫之措施者，不適用之」的但書，此為「明知故犯者（如沒有正當理由的出國），不予補償」的法源依據。（修訂說明）
- 6月19日，指揮中心函令，「禁止醫事人員出國」的措施至6月30日止；但7月1日後，相關人員若欲出國，仍需報經醫院的同意。等同對醫事人員出國的准駁權，下放交由醫療院所負責。（公告）