台灣對於SARS-CoV-2病毒的採檢對象，大致可分為5種對象：「通報病例」、「社區監測/擴大採檢」、「機場採檢」、「特殊情況（如包機返台）」、「確診者出院」。
通報病例
疾管署訂有「嚴重特殊傳染性肺炎病例定義暨採檢送驗注意事項」，符合通報定義者，需要向疾管署通報，同時一定要進行採檢。
原本規定，通報病例要接受兩次採檢，在第二次陰性結果出來前，案例需要「住院隔離」。
3月中旬，全球疫情升溫，使得符合通報定義者大幅增加，指揮中心表示為了避免影響全國隔離病床調度使用，修改通報個案處理流程，符合輕症等5項條件者，只需採檢一次，且可回家而不需住院隔離。（參考）
社區監測/擴大採檢
通報病例定義明確，但也產生醫師看診時，遇到例如沒有外國旅遊史的人，即使有疑慮，但不符合通報定義而不能送檢。
2月16日指揮中心訂定「社區監測之通報採檢及個案處理流程」，後有多次修訂，開放臨床醫師看診時，對於不符合通報定義的病人，若懷疑感染武漢肺炎，也可以送檢。
機場採檢
機場原本就有檢疫措施。台灣第1起通報病例，即是入境時回報有症狀而接採檢並確診。3月16日起，對於機場入境時有症狀的旅客一律採檢，4月3日起，有症狀的旅客須至集中檢疫所，等候檢驗結果出來。
無症狀者的採檢
上述三種情況，都是對「出現症狀」的人進行採檢。至於「無症狀者」，除了對「確診者的同住人（同住家人/同寢室友等）」會一律採檢外，指揮中心原則上並不會對無症狀者採檢。
只有在一些特殊情況下，會對特定族群，無論有無症狀，一律進行採檢。具體案例例如：
- 武漢包機回台：2/3東航包機、3/11華航與東航包機、3月底後的指定航班等，都對機上旅客全員進行採檢。
- 北部某高中班級，出現案59、案103、案130確診者後，停班以外、也對全班同學進行採檢。
- 長照機構護理師案156例確診後，對機構入住者與工作人員全數進行採檢。
- 旅遊團：部分旅遊團出現多名確診案例後，也可能對全團進行採檢。例如奧捷團（案108等人）、摩洛哥團（案250等人）。
確診者出院
上述四種情況，如果檢驗結果有出現「陽性」，即為確診者，需要「隔離治療」。經治療後，也需採檢，連續陰性後才會解除隔離狀態。一開始的標準是二採陰，二月底後將標準提高為三採陰。