3月31日衛福部宣布針對醫療照護工作人員，新的採檢流程（準則、流程圖）。 適用的對象包括醫療院所和照護機構工作人員，照護機構包含長照等住宿型機構（住宿式長照機構、老福機構、身障機構、護理之家）、產後護理機構、兒少安置及教養機構、康復之家及榮譽國民之家等 。
符合「通報病例定義」的案例，仍需依通報病例的流程管理。但在「通報病例」以外，自2月中開始，中央流行疫情指揮中心也開放了擴大採檢。即使不符合「通報病例定義」，只要醫師高度懷疑為武漢肺炎患者，也可通報為「疑似病例」進行採檢。
「疑似病例」只需採檢一次，採檢後需「自主健康管理」14天。「自主健康管理」對一般人沒有強制力，但指揮中心在2月25日已另外規定（參考），相關工作人員在「自主健康管理」期間不能到醫療院所上班。
在先前對醫事人員有更高管制要求的措施下，導致醫事人員一經採檢，即使結果為陰性，也無法上班，出現醫療照護工作人力不足、或是院方與人員不願接受採檢的疑慮。
3月25日的新措施，規定採行「擴大採檢」的醫療照護工作人員，需採檢兩次，在兩次採檢結果陰性後，再經醫師評呼吸道症狀減緩、且未服用退燒藥下退燒超過24小時後，即可恢復上班。