2020年1月13日，衛福部疾管署擬定《因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情整備應變計畫》，計畫中將「疫情等級」分為四級。依照該《計畫》，當中國大陸地區武漢肺炎疫情有明顯社區傳播及擴大的情形，將進入第三級，開設中央流行疫情指揮中心並由疾管署署長擔任指揮官；當中國疫情擴散至其它地區，將進入第二級，改由衛福部部長擔任指揮官；當我國出現確診病例，將進入第一級，由行政院院長指派指揮官。
（來源：2020/1/13《因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情整備應變計畫》）
1月20日，衛福部宣布成立「中央流行疾病指揮中心」，由疾管署署長周志浩擔任指揮官（參考）；21日，指揮中心公布首例境外移入的確診案例（參考）；23日，指揮中心宣布疫情等級提升至二級，由衛福部部長陳時中擔任指揮官（參考）。指揮中心發言人說明，《計畫》中的疫情分級，後續有修改，所以即使有境外移入案例，目前仍維持在二級。
各部會因應疫情分級而應採取的應變措施，參考《應變作為與分工一覽表》。