杉原灣周邊開發案多於2000年前後通過環評，在通過個案中，最早的是1997年的杉原遊艇港興建計畫，最晚的是2002年的杉原棕櫚濱海渡假村， 目前除了美麗灣環評遭撤，台東渡假村、杉原遊艇港計畫暫停，杉原棕櫚渡假村、黃金海渡假村、娜魯灣大酒店的開發計畫仍持續進行中。尤其是杉原棕櫚跟黃金 海，都是2012年底台東縣政府「讓」美麗灣通過環評後，重送環境差異審查，目前都在審查階段，黃金海還在專案小組，杉原棕櫚卻已進入環評大會，情況最為 危及。
杉原灣周邊開發案有幾大疑慮，包含破壞海洋生態、侵犯原住民傳統領域、位於利吉層地形及可能危害文化遺址
- 破壞海洋生態：東海岸珊瑚距離海岸非常近，有其獨特性，特別是杉原海域首度紀錄「貝氏耳紋珊瑚」（Oulophyllia bennetthae）。開發案施工會破壞當地植被，一旦沒有植被，泥沙沖刷將非常嚴重，導致大量沉積物進入海中，進而造成珊瑚窒息死亡；飯店每日排入海 洋的大量污水，也可能對海洋生態造成毀滅性的傷害。
- 侵犯原住民傳統領域：杉原灣開發案多位於刺桐、都蘭、加路蘭三個部落的傳統領域內，根據《原住民族基本法》二十一條，若想在「原住民族土地」上進行開發，需先取得部落同意，但杉原灣內開發計畫卻多未遵照《原基法》相關程序進行部落會議，取得三個部落的同意。
- 位於利吉層地形：杉原灣開發案位於「利吉混同層」上，此地質遭人稱為「惡地」，類似於高雄月世界，透水性低、土壤貧瘠、常年無植被覆蓋，容易受到地表逕流的腐蝕與切割，時常有無預警的地滑，更可能因雨而崩塌。
- 可能危害文化遺址：黃金海渡假村位就位於富山遺址上方，若開發勢必影響到富山遺址。富山遺址是新石器時代代表性遺址，距今約四千年。