核一廠第1、2號機現行的運轉執照有效期限，分別到2018年12月5日以及2019年7月15日到期，依《核子反應器設施管制法》第23條，核電廠在永久停止運轉前3年，要送交除役計畫、向主管機關提出除役申請，並依《環評法》進行環評。
原能會審查部分，台電於2015年11月25日提交「核一廠除役計畫許可申請案」，2017年6月28日原能會審查通過，但環評部分卻無法在12月5日停機前審議完成；環評未通過，原能會不會發出除役許可，但就算除役許可仍未取得，核一廠1號機仍要在今年12月5日運轉年限停機，不得再運轉。
核一廠除役從核發除役許可起算25年內完成，主要分四個階段：停機過度階段（約8年）、除役拆除階段（約12年）、廠址最終狀態偵測階段（約3年）、廠址復原階段（約2年）。
停機過度階段包含將燃料棒自反應爐移出存放於燃料池、現場輻射特性調查與除污作業、興建低放射性廢棄物貯存倉庫與第二期用過核子燃料乾式貯存設施等設備；除役拆除階段則包含將用過後燃料移至乾式貯存設施貯存、大型系統及相關設備除污、建物除汙；廠址最終狀態偵測階段包含廠房拆除、土壤整治及廠址最終狀態偵測；廠址復原階段則是最後的覆土。
根據台電估算，核一廠每部機組之除役費用為新台幣79億1,500萬元，另因應工程的不確定性，加計提列準備金15%後，核一廠二部機組之除役費用為新台幣182億元，三部核電廠6個機組總計新台幣675億，核後端基金至2017年2月底止已累積約3,232億元（不含拆廠廢棄物最終處置及相關回饋金），支付預算應尚有餘裕。
但2018年傳出最新版除役、核廢料費用，因包含集中式貯存廠等新增設備，整體花費增加至超過4,700億，差額必須由台電以年金方式繳齊，預計每度電將因此漲0.1元；經濟部坦承4,700億跑不掉，但新增室內乾貯容器及集中式貯存場設計等項目尚未定案，無法還估出確切金額。