台南市政府推動開發的七股科技工業區位於台17省道旁，距台南科技工業區約7公里，科工區佔地142公頃，其中可供產業設廠用地約77.5公頃；照南市府說法，七股科工區可解決台南沿海產業發展用地不足問題，均衡沿海地區發展，並結合未來的七股區都市計畫，以因應未來地方觀光旅遊事業發展，並吸引產業人口回鄉，增進農村就業機會。
七股科工區最早於2008年報編，2010年3月送區委會大會審查時，因88風災淹水之事，鄉代會及民眾對工業區是否將導致淹水有所疑慮，大會決疑退回專案小組，而後農委會又反對用地變更，經南市府多次溝通，今年（2017）4月20日，七股科工區正式審查通過區委會審查；根據南市府規劃，明年（2018）向經濟部申請報編為工業區，再提報細部計畫給內政部審議後變更，預計後年（2019）就可進行科工區開發案。
但環保署副署長詹順貴在20日深夜即以「孤掌難鳴，無力回天（來源）」表達對七股科工區獲准報編的立場，並以多項理由質疑七股科工區的開發必要性；首先依據全國區域計畫，台南市農地資源面積應為8.63萬至9.27萬公頃，但目前台南市實際農業使用僅為7.17萬公頃；其次，台南市境內工業區未租售面積為80.91公頃，大於七股科工區產業用地總面積的77.5公頃；本案預定廢水排放會流經養蚵地區與黑面琵鷺保護區；最後本案位於易淹水範圍，整地變高將影響周遭排水、增加該區淹水情形。
參考資料：
http://www.cdns.com.tw/news.php?n_id=1&nc_id=158069
http://www.chinatimes.com/realtimenews/20170421004889-260407
http://news.ltn.com.tw/news/life/breakingnews/2043378
https://money.udn.com/money/story/5639/2452789