新吉工業區位於台南安南區與安定區，面積123.26公頃，其中建廠76公頃、綠地佔18.7公頃、滯洪池3.9公頃；工業區於1995年已通過環評，事後卻未開發，直到2013年，配合經濟部台商返台、非法工廠合法化等需求，重新進行環差審查；審查過程中，環團質疑工業區排水將影響曾文溪水質及黑面琵鷺，且工業區填高地區，恐造成鄰近區域淹水。
對於環團的質疑，南市府承諾新吉工業區將達成廢水零排放目標，創造經濟、就業與環保三贏局面，並將以百年一次的400mm暴雨為基準，重新設計當地排水系統；2014年6月30日，新吉工業區案順利出專案小組，送環評大會，8月27日，環評大會正式通過新吉工業區開發案。
2015年11月30日，新吉工業區正式動土，為避免土地炒作，南市府設定工業區10%產業用地「只租不售」，另外10%用地則設定地上權使用，期滿可優先續約，至於剩下80%產業用地直接出售，但廠商須於2年內完成建廠，產權移轉後五年內不能轉售。
市府公開出售後，新吉工業區土地熱銷，至2017年5月，工業區內第一區土地出售率為61％，第二區土地出售率高達97％；之後第三期、第四期亦陸續公開出售，至8月底，共有63家廠商核准申購，總出售率約6成。
參考資料：
http://shuchuan7.blogspot.tw/2013/12/blog-post_24.html
http://www.epochtimes.com/b5/13/12/24/n4041762.htm
http://newtalk.tw/news/view/2014-06-30/48777
http://e-info.org.tw/node/101747
http://ckplus72.pixnet.net/blog/post/378352597-台南%EF%BC%8F號稱零污染的新吉工業區動土-市府預
https://money.udn.com/money/story/5635/2489382
https://ctee.com.tw/News/View.aspx?newsid=40140&cat=2