前情
馬政府於2010年修正「行政院組織法」推動政府組改，原預計從2012年到2016年，將原本37部會整併至29個。但因遭裁併、調整業務的機關紛紛透過立委遊說，致後續的推動愈加困難；立法院只好趕在2015年底修正「暫行條例」，將組改過渡期延長到2018年一月底。
目前還剩內政部、經濟及能源部、交通及建設部、農業部、環境資源部、陸委會等六個部會的組改法案尚未處理；相關草案也在政黨輪替後，由行政院撤回。而前朝任內通過、擬在去年七月掛牌的海洋委員會，則於去年三月遭新國會決議暫緩施行。
現況
時間回到現在，行政院已於今年啟動組織改造，希望在八月底前底定，並於下會期將相關法案送立法院，大幅擴編的環境資源部部最受關注，爭議也最多。由於先前資源、人力豐沛的內政部國家公園、農務局林務局相關的森林保育、水土保持、水利及等業務都要移入環資部。但在政府部會內卻因此爆發爭議，農務局與內政部內部分別發出異音，都希望單位能夠在組改後續留原部門，目前行政院正在協調中，預計本週就會得出結論定調。
8月22日，環保署三十週年署慶，環保署長李應元就強調，過去閣揆都認為林務局要併入環資部，國家公園也在規劃之內，目前應該已大致定調；但在同日由地球公民基金會、惜根台灣等環團舉辦的民間論壇中，農委會副主委陳吉仲卻表示，若能解決可以預見的眾多困難，他也支持將林務局納入環境資源部，但目前看來林務局業務續留在農業部，正面效應更大，同場出席的林務局局長林華慶也同時發言附和。
在論壇開始之初，環保署副署長詹順貴亦有出席，發言結束不久後即提早離席，與遲到入場的農委會副主委陳吉仲恰好擦身而過。詹順貴重申環保署未來整合「水土林」保育的期望，也指出2016年時三黨組改協議內容，當時已拍版森林保育、水土保持、水利及國家公園等業務都要移入環資部。詹順貴認為，國家公園、林務局管轄土地高度重疊，應該將其業務整併入環保署內，同時也認為「農林漁牧」並非不能分割，反對將林務局業務在整併改組後續留農業部。
但陳吉仲認為，林務局留在農業部應更有正面效應，因為農部門已大幅度往保育改造，現今不僅是包含生產，更蘊含了生態環境、文化等「保育」工作，未來若保育沒做好，環資部會怪農業部，農業部當然也可以表示「自己僅負責生產」，如此一來兩方權責更難劃分，且農業沒有保育部門支持也難以做好，認為林業生產與保育部門應直接續留農業部。林務局局長林華慶則認為，保育的工作不僅在森林，現今的戰場也轉移至農田生態系了，未來農業部若少了林務局，將沒有保育部門而形成大缺口，且若移撥到環資部，區外保育就沒有人會做，如36萬公頃的農牧地，未來農部非保育部門，工具有限，可能因此棄守。
論壇主辦單位地球公民基金會則是表示支持林務局納入環資部，他們指出農部的主要任務是在確保農業生產、提升糧食自給率、農民所得、食品安全、鄉村發展等工作，往保育發展雖是正確作法，但工程浩大，未來宜把保育主管機關移到環資部，讓農部專心發展主業，並與環資部積極合作其他保育工作。環團主張林務局應完整進入環資部，認為94%以上的國有林是保育和保安功能，就功能屬性適宜進入環資部。
未來環境資源部的樣貌？
環保署副署長詹順貴表示，目前的方向是整合「水土林」業務，強化橫向溝通連結、流域治理、因應氣候變遷、防災。並將森林法、水利法等老舊法令大修，配合主管機關及典範的轉型。實質運作上目標將四級機關重組。
依過去的規劃看來，包括經濟部水利署、礦務局，農委會林務局、水保局，及內政部營建署所屬的國家公園及下水道等業務，都將納入未來的環境資源部。依媒體報導，目前協調情況，經濟部礦務局移到環資部問題不大，其他則仍有爭議，待協調。而水利署部分，因水資源開發與產業有關，若移到環保署，產業調度水資源時，則會有更多協調與爭議問題。
農委會林務局部分若全部移到環資部，內部也有聲音認為環資部的業務會因此範圍過大，成為｀「天下第一部」；至於營建署的國家公園及下水道業務，內政部反對併入環資部。除了環境資源部之外，這此組改將還包括經濟部中小企業處升格為中小企業局、能源局升格為能源署等。