菲律賓於1946年獨立後，對於美國在冷戰架構下於太平洋的軍事部屬仍具有重要地位。1947年3月，美菲雙方簽訂《軍事基地協議》（Military Bases Agreement），該協議使兩國得以駐軍在彼此的軍事基地中，並且同意由兩國軍方共同決定菲律賓軍事基地發展的規劃。該協議原訂有99年的期限，但在1966年的修訂後，改為1991年到期，再由兩國共同決定是否延續。在該協議的架構下，美軍主要活動於菲律賓首都馬尼拉近郊的克拉克空軍基地（Clark Air Base）及蘇比克灣海軍基地（Subic Bay Naval Complex）。
1951年8月30日，美國、菲律賓兩國代表於華府簽訂《共同防禦條約》（Mutual Defense Treaty，MDT），條約包含八點內容，其主旨為當兩方其中一方可能遭到攻擊時，另一方將提供軍事上的協助，並指出兩方得透過相互的援助以提升彼此的軍事實力。這個條約簽訂後具有永久的效力，除非其中一方提出終止條約的要求。
1991年，《美菲軍事基地協議》到期，因美軍自1970年代晚期到1980年代間發生數起對菲律賓人民的不當行為，引發菲律賓民眾的反美情緒，菲律賓境內的美軍去留問題成為國內重大爭議，也影響參議院選舉結果。菲律賓參議院最後投票否決美菲軍事基地協議的延續，迫使美軍於1992年底全數撤離菲律賓。
然而，美菲的軍事合作並非就此消失，而是逐漸再度漸趨緊密。1999年，菲律賓參議院通過《菲—美軍事訪問協議》（Philippines–United States Visiting Forces Agreement，VFA），在MDT的架構下再度強化美軍與菲律賓的軍事合作關係。自此，美軍曾派軍艦訪問菲律賓，並與菲律賓合作進行多次軍事演習等活動，雙邊元首也曾多次互相到訪。
參考來源：
- 維基百科〈Philippines–United States relations〉
- 維基百科〈Mutual Defense Treaty (U.S.–Philippines)〉
- 維基百科〈Philippines–United States Visiting Forces Agreement〉
- 1991/09/16 The New York Times〈PHILIPPINE SENATE VOTES TO REJECT U.S. BASE RENEWAL〉
- 2012/03/13 The Kahimyang Project〈Today in Philippine History, March 14, 1947, the Military Bases Agreement was signed〉
- 〈THE MUTUAL DEFENSE TREATY BETWEEN THE PHILIPPINES AND U.S.A.〉