日本進口我國食品，多從基隆港、高雄港或桃園機場出入，衛服部在海關抽出樣品後，將樣品送到核能研究所確認輻射含量。輻射檢驗分為兩個階段，第一階段為直接計測，樣品放進檢測設備後進行定性分析，確認是否有人工核種（例如銫-134、銫-137等）。第一階段檢測時間為一千秒，若偵測到人工核種，進行二階段檢測；二階檢測將樣品切割、搗碎後，裝罐放入檢測儀器，確認該核種含量、是否有超標，檢測時間為六千秒。
對於台灣檢測方式，環團與學者曾提出多項質疑，例如應直接採碎裂化檢測、應用普查、食品抽樣率過低、資訊不透明、檢測時間應更長等，公視《我們的島》也曾指出，核能研究所儀器只能測量γ核種，測不出β核種，且如果要測β核種，檢驗時間要長達兩個星期到一個月，依目前檢驗方式無法達到，而福島污水會排放β核種鍶90，台灣無法即時監測，無法有效管制受β核種污染之魚類。
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