焦點事件記者王子豪
台灣對於船舶的防疫措施，因應航港的特性，有一套特別作法。海上長時間的孤立狀態，被視為有群體隔離的效果，理想上能行成一道防線；但這道防線一旦破功，反而讓疫情的調查更顯困難。
依據中央流行疫情指揮中心的說明，目前對於航港的防疫，略以「靠舶前30日內，有無海上接觸史」為界，若30日內沒有靠泊外國其它港口、也沒有與其它船隻併船交流等「海上接觸」的情形，就會把這艘船視為安全的，返台後不需要居家檢疫等措施。但若30日內有「海上接觸史」，返台靠泊後就需要另外進行14天居家檢疫、或原船檢疫等檢疫措施。
疾管署副署長莊人祥說明，與一般陸上隔離檢疫的「14天」相比，海上有採檢不易等困難，因此把時間定為「30天」來觀察，大約是兩輪的最久潛伏期。
台灣敦睦艦隊至今（4/23）累計29人確診。艦隊人員2月21日在台登艦，3月15日離開帛琉後，緊接著進行了海上的航行等訓練，直到4月14、15日後官兵學員才陸續下船，完成了30天的群體隔離。然而沒有在這段時間內辨識出確診者、或對疑似案例作出妥當的反應，這30天或更久的時間，反而影響了疫調、也可能導致更多人因此受染。
對於是在那個環節出現問題，導致未能及時通報艦上病例，目前仍在調查中。不過艦上無法進行PCR採檢病毒來確診疑似病例，也沒配有快篩等可協助船醫判斷的工具，這使得即使有人出現疑似症狀，也難以在艦上進一步確認風險程度，進而與其他人進行區隔。而此趟敦睦艦隊的旗艦磐石艦，被設計為能進行人道救援、診療等任務的支援艦，即使設有負壓隔離病房，也難以發揮效用，倍感諷刺。
自帛琉返航後漫長的30天，讓艦上已經同時有康復者、也有剛被感染的人。目前的病毒採檢與抗體檢驗結果，有2人只驗出抗體而驗不出病毒；而有1人的病毒採檢是「一採陰、二採陽」，張上淳表示，從他出現症狀的時間來看，可能是剛被感染，第一採時還在潛伏期病毒量低、第二採時才發病病毒量增加才被驗出。
但又有4人，雖然也是「一採陰、二採陽」，但從症狀的時間來看，張上淳研判4人是感染了一段時間，體內的病毒量下降到不易測出的階段，因此容易出現時陰時陽的現象。這個現象也常見在被認為快康復、準備出院的確診者身上。
這起事件感染規模究竟有多大、感染了多少人？指揮中心表示，會對艦隊全員進行「抗體」的檢驗，來確認有多少人「曾經感染過」。不過張上淳也說，無法單純從抗體檢驗的結果，得知感染的時間。能不能追出感染源，需要看最後有多少科學據據以及調查的結果。