台北市長柯文哲力推社子島開發案要「主要計畫、時程不變，要安置可以討論，但就是要在2022年底（任期）前公告實施區段徵收參考」，不過在送出區段徵收計畫前，需要先通過台北市政府環境影響評估，雖然2021/12/8，環委已在環評會中表態支持通過報導，但環評仍有以下問題。
社子環說書爭議1》濕地
之前，開發單位台北市土地開發總隊沒有依《濕地法》程序，向主管機關內政部城鄉分署查詢區域內濕地報導。2021/12/8環評會中，才提出再次查詢後的結果，區段徵收計劃範圍內有21筆地號與「關渡重要濕地」重疊。
內政部城鄉署回函認為，由於這21筆土地不在目前環評中的計畫施工範圍內，所以不會對濕地造成影響，但環說書裡提到參考p.8-22施作第二期的防洪工程時，將沿既有堤線進行破堤拆建工程，遭質疑破堤工程不可能不會影響到濕地報導。
社子環說書爭議2》污水處理廠環評
社子島計畫興建一座每天污廢水處理量3.5萬噸的污水處理廠，依〈環境影響評估作業準則〉第17條第1項，開發行為「自行規劃設置廢（污）水處理設施者，應併案進行評估、分析及影響預測」，即污水處理廠應與開發計畫一起環評。
北市工務局衛工處處長林昆虎對此回應，污水處理廠屬區段徵收開發完後的工程，要在知道相關開發規模和規畫後，才能在建廠前根據當時狀況環評，所以要先做完區段徵收的環評、都市計畫審議，才能進行污水處理廠的環評。參考
社子環說書爭議3》關渡平原時間差
由於社子島開發的前提是要配合大台北地區的防洪計畫內容，不過，防洪計畫裡對於社子島、五股地區周邊的高保護堤防設置，由於關渡側暫無開發規劃，所以會有時間差問題，而這個瑕疵，防洪計畫中並沒有做相關的水理分析。報導
〈環境影響評估作業準則〉第32、34條規定開發單位應評估開發行為改變地形地貌對下游及鄰近地區排水系統的影響，或者是施工及營運期間發生水災等都應進行評估並納入環境保護對策。
環說書裡第8章8.4.2節在「防洪計畫對社會影響分析」裡內容，對於大台北地區防洪之影響僅說明涉及社子島南側三重、五股垃圾山的清除，並未提到北側關渡地區時間差問題。
環境權保障基金會認為，儘管關渡時間差是防洪計畫的問題，但這個瑕疵應該也要在環評中補正。
- 參考：社子島環評文件專區