2015年5月29日，衛福部公告修正〈包裝食品含基因改造食品原料標示應遵行事項〉、〈食品添加物含基因改造食品原料標示應遵行事項〉及〈散裝食品含基因改造食品原料標示應遵行事項〉，其中含有基因改造食品原料的「包裝食品」及「食品添加物」自2015年12月31日起，不論型態、種類，皆須標示。散裝食品則分三個階段，至2015年12月31號，均應標示。
在法規修正前，只有針對產品基改食品原料重量在5%以上的黃豆、玉米兩種食品有規定要標示；新制則對所有含基改原料的食品，皆規定必須標示。而對於在製造過程中使用基改原料的「高層次加工品（沙拉油、醬油等）」，只要最終產品，已不含轉殖基改片段、轉殖蛋白質，就無須標示，新制則依然要求標示。
只要是「故意」加入的基改成份，就需要標示；而在新制制定過程中，引起爭議的，是非基改食品中「非故意摻雜率」，僅由5%下修至3%，而未採用歐盟的0.9%標準。
參考：
- 衛福部食藥署：〈基因改造食品標示規定問答集〉
- 校園午餐搞非基：〈一次就看懂-2016年基改食品標示新制〉