條目整理：孫窮理
日本加入TPP面臨取消農畜產品高關稅的壓力，早在2011年，農林水產省估計，如果取消關稅，原本8.5兆日元的農業生產額，將對半砍，減少4.1兆日元，糧食自給率由40%暴跌至14%，而農業的防洪、涵養水源的這些間接利益，也將損失達3.7兆日元。
面對這一個毀滅性的威脅，安倍晉三開始推動農業改革，其中最重要的，就是在2013年，宣佈逐步到2018年，完全廢除日本自1971年就施行的「減反制度」，此一制度，類似台灣的「休耕補貼」，政府補助稻農休耕或轉作其他作物，控制稻米的產量，也維持了日本稻米的價格。
日本農業近況有許多與台灣接近之處，在「減反制度」下，休耕面積不斷增加，2010年達39萬公頃，當年日本耕地總面積為459.3萬公頃，比起台灣約80萬公頃農地，有20萬公頃休耕，比例上是低了不少，而農業人口老化，平均年齡超過65歲的情況，就人數的比例上看，大多數已屬「兼業農」，農事收入非農家主要收入的狀況則類似。
香港市場的米價
日本米與外國米的價格比較。（資料來源：
山下一仁）
此外，農地單位面積小，也跟台灣的狀況類似，若以平均每一農民擁有農地面積比較，美國為日本的75倍，澳洲為1,309倍，廢除減反制度的目的為鼓勵農民出租農地（類似台灣「小地主大佃農」的作法），集中進行大面積耕作、以農企業的方式生產，如此可以壓低日產稻米的價格，以因應稻米進口的衝擊。此外，安倍政府也積極鼓勵農產的出口，計畫到2020年，讓日本農產品出口增倍，至1兆日元（95.8億美元），以彌補進口造成的損失。
在此次TPP談判中，日本將米、麥、砂糖、乳製品，以及牛豬肉五大類高關稅的農畜產品視為必須捍衛的「神聖領域」，美國則要求全面取消關稅。
日本稻米進口，採取關稅配額制度，在配額之外，以778%的高關稅保護本土稻米，2002年，台灣加入WTO之後，也採取日本此一作法，在談判中，原本日本的關稅配額是77萬噸（約佔消費量7%），其中10萬噸是大米，其餘為米製品；而這一次談判，日本給與美國進口的「特別關稅配額」7萬噸，澳洲的配額量則是美國的12%（0.84萬噸），合計7.84萬噸，這些配額需以SBS（Simultaneous Buying and Selling Tender System）「買賣同時招標」的方式進口，避免進入公倉，確保可流入食米市場。對比台灣，每年進口米配額為14萬4千餘公噸，大約佔消費量的10%。
而目前日本有60%的牛肉進口（台灣超過90%），主要來自美國與澳洲，有約50%的豬肉進口（台灣進口豬肉量相當少，多為國產），牛肉進口的關稅將由現在的38.5%大幅下修到9%，豬肉的關稅也將調降，除此之外，在TPP中爭議最高的乳製品上，日本也承諾提高關稅配額。