蘭嶼貯存場自1982年開始存放核廢料，至1996年止，由於存放時間長久，保存核廢料的55加侖鋼桶隨著時間開始產生鏽蝕、甚至破損、破碎的狀況，如此可能導致輻射粉塵外洩，將來要將核廢料移出蘭嶼時也會造成危險與不便，因此，2007年12月起，台電公司委託永樂國際公司，開始對貯存在蘭嶼的核廢料進行「檢整」作業。
所謂的「檢整」，指的就是重新整理存放狀況不良的核廢料，首先作業人員將核廢料桶區別為良好、鏽蝕、破損、破碎等四個類別，接著，再對鏽蝕的鐵桶進行除鏽、補漆、防鏽，並將破損的鐵桶中的核廢料，重新裝到鍍鋅鋼材製的重型容器中，至於已經破碎的核廢料，則需要重新固化，再裝入新的鍍鋅鐵桶中。
2011年，中央研究院地球科學研究所研究員扈治安在台電的委託報告中指出，在蘭嶼貯存場南端的潮間帶偵測到放射性物質鈷60，顯示檢整過程確實造成輻射外洩，由此引發一系列有關蘭嶼貯存場檢整作業的爭議。
為甚麼檢整作業會產生輻射外洩的情形？讓我們從檢整作業的流程開始談起。標準的檢整作業流程，應該是將核廢料從原本貯存的壕溝中取出後進行分類，接著放置在密閉容器內，轉移到處理中心進行處理，而處理中心應當要充分隔絕輻射物外洩的可能，並隔絕處理工人過度暴露在輻射中的風險。處理完成後，應該將核廢料桶放在與外界完全隔絕的暫儲空間中，待原本儲存核廢料的壕溝清理完畢後運回。
然而，由於台電缺乏核廢料檢整經驗，又急著趕工，整個檢整的作業根本沒有按照標準流程進行，各個環節都充滿問題與疑點。首先在檢整的分類上，台電雖對外宣稱完全破碎的核廢料桶僅占所有核廢料的2%，而比例最高的是「破損」的核廢料桶，約占65%，然而檢整工人提供的照片卻顯示，許多被分類為「破損」的核廢料桶，實際上已經毀損的非常嚴重，卻再未重新裝桶的情況下直接放入重型容器中，另外，在鏽蝕鐵桶的除鏽、補漆方面，也存在著偷工減料的狀況，這使檢整作業的品質被打上一個問號。
再來，為了加速檢整作業的時間，整個作業流程中許多安全環節被忽視，由工人提供的照片顯示，核廢檢整的處理中心根本沒有做到充分的負壓、隔絕，廠房內甚至有許多漏洞與外界空氣相連，輻射粉塵就這樣在作業的過程中不斷散發出去。甚至為了加速趕工，在暫存空間不夠的情況下，台電就將核廢料桶直接放置在戶外露天處，種種行為都是造成輻射外洩的原因。
最後，在工人工作安全上，整個檢整作業也是漏洞百出，現場工人曾表示，工作時通常沒有真的配帶偵測輻射量的劑量計，為了加快工作節奏，工人經常需要近距離處理核廢料，並非台電宣稱得盡量以機械手臂遙控等方式處理，且工人在工作時普遍防護不足，不但使工人暴露在輻射風險中，也可能使輻射粉塵隨著工人的進出而擴散出去。